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cutadapt - cutadapt 1.8.3 的手册页

商品描述

cutadapt 版本 1.8.3 版权所有 © 2010-2015 Marcel Martin[email protected]>

cutadapt 从高通量测序读取中删除适配器序列。

用法：
切适应 -a 适配器 [选项] [-o output.fastq] input.fastq

对于 双端 内容如下：
切适应 -a 适应1 -A ADAPT2 [选项] -o 输出1.fastq -p 输出2.fastq 输入1.fastq
in2.fastq

将“适配器”替换为 3' 适配器的实际序列。 IUPAC 通配符
支持。 *不*自动搜索反向补码。 所有读取自
input.fastq 将被写入 output.fastq 并删除适配器序列。 适配器
匹配是容错的。 可以给出多个适配器序列（进一步使用 -a
选项），但只会删除最匹配的适配器。

输入也可以是 FASTA 格式。 支持压缩输入和输出
从文件名（.gz、.xz、.bz2）自动检测。 使用文件名“-”作为标准
输入输出。 没有 -o 选项，输出被发送到标准输出。

有 other 可使用 功能 是：
* 各种其他适配器类型（5' 适配器、“混合”5'/3' 适配器等）*
修剪固定数量的碱基 * 质量修剪 * 修剪色彩空间读取 *
按各种标准过滤读取

使用“cutadapt - 帮帮我" 查看所有命令行选项。见
http://cutadapt.readthedocs.org/ 完整的文档。

配置

- 版
显示程序的版本号并退出

-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

-f 格式， - 格式=FORMAT
输入文件格式； 可以是“fasta”、“fastq”或“sra-fastq”。 忽略时
读取 csfasta/qual 文件（默认：从文件扩展名自动检测）。

影响如何找到适配器的选项：

以下三个参数中的每一个（-a, -b, -g) 可以多次使用并且
以任意组合搜索可能不同的一整套适配器
类型。 从每次读取中只修剪最匹配的适配器（但请参阅
--倍 选项）。 除了直接给一个适配器，你也可以写
file:FILE 和适配器序列将从给定的 FILE（必须是
FASTA 格式）。

-a 适配器， - 适配器=适配器
连接到 3' 末端的接头序列。 适配器本身和
接下来的任何内容都会被修剪。 如果适配器序列以“$”结尾
字符，适配器锚定在读取的末尾，并且只有在它是一个
读后缀。

-g 适配器， - 正面=适配器
连接到 5' 末端的接头序列。 如果适配器序列
以字符“^”开头，适配器是“锚定”的。 锚定适配器必须
全部出现在读段的 5' 端（它是读段的前缀）。 一种
非锚定接头可能部分出现在 5' 端，也可能出现在
读。 如果在读取中找到，则适配器之前的序列也是
修剪。 在所有情况下，适配器本身都会被修剪。

-b 适配器， --任何地方=适配器
连接到 5' 或 3' 末端的接头序列。 如果适配器是
在读取中发现或与读取的 3' 端重叠，行为是
与对于 -a 选项。 如果适配器与 5' 末端重叠（
读取），匹配适配器的读取的初始部分被修剪，但
接下来的任何内容都会保留。

-e ERROR_RATE， --错误率=错误率
最大允许错误率（错误数除以匹配长度
区域）（默认值：0.1）

--无插入
在比对中不允许插入缺失（只允许不匹配）。 目前仅
支持锚定适配器。 （默认：允许不匹配和插入）

-n 数数， --倍=COUNT个
最多尝试移除适配器 COUNT 次。 附加适配器时很有用
多次（默认值：1）。

-O 长度， - 重叠=长度
最小重叠长度。 如果读取和适配器之间的重叠较短
比 LENGTH，读取不会被修改。 这减少了没有。 完全修剪的碱基数
由于短随机适配器匹配（默认值：3）。

--匹配读取通配符
允许在读取中使用 IUPAC 通配符（默认值：False）。

-N, --不匹配适配器通配符
不要解释适配器中的 IUPAC 通配符。

过滤已处理读取的选项：

--丢弃修剪, - 丢弃
丢弃包含适配器的读取而不是修剪它们。 也用 -O in
以免丢掉太多随机匹配的reads！

--丢弃未修剪的, --只修剪
丢弃不包含适配器的读取。

-m 长度， - 最小长度=长度
丢弃比 LENGTH 短的修剪读取。 甚至太短的读取
在适配器移除之前也被丢弃。 在色彩空间中，初始底漆不是
计数（默认值：0）。

-M 长度， --最大长度=长度
丢弃长于 LENGTH 的修剪读取。 读取甚至太长
在适配器移除之前也被丢弃。 在色彩空间中，初始底漆不是
计数（默认值：无限制）。

--无修剪
像往常一样匹配和重定向读取到输出/未修剪输出，但不要删除
适配器。

--最大n=长度
读取中允许的最大 N 比例。 数字 < 1 将被视为
比例，而大于 1 的数字将被视为 N 的最大数量
遏制。

--掩码适配器
用“N”字符屏蔽适配器而不是修剪它们。

影响输出到何处的选项：

- 安静的
最后不要打印报告。

-o 文件， - 输出=文件
将修改后的读取写入 FILE。 根据输入选择 FASTQ 或 FASTA 格式。
汇总报告被发送到标准输出。 在 FILE 中使用 '{name}' 进行多路分解
读入多个文件。 （默认：修剪后的读取写入标准输出）

--信息文件=文件
将有关每次读取及其适配器匹配的信息写入 FILE。 见
文件格式的文档。

-r 文件， --rest-文件=文件
当适配器在读取中间匹配时，写入其余部分（在
适配器）到文件中。

--通配符文件=文件
当适配器有通配符基数（'N's）时，写匹配通配符的适配器基数
位置到 FILE。 当对齐中有indels时，这通常不会
准确的。

--输出太短=文件
写入太短的读取（根据由 -m) 到文件。
（默认：丢弃读取）

--输出太长=文件
写入太长的读取（根据由 -M) 到文件。
（默认：丢弃读取）

--未修剪的输出=文件
将不包含适配器的读取写入 FILE。 （默认：输出到同一个文件
作为修剪读取）

对读取的其他修改：

-u 长度， - 切=长度
从每次读取的开头或结尾删除 LENGTH 碱基。 如果 LENGTH 为正数，
从每次读取的开头删除碱基。 如果 LENGTH 为负，则
从每次读取的末尾删除碱基。 此选项可以指定两次，如果
LENGTHs 有不同的符号。

-q [5'CUTOFF,]3'CUTOFF, --质量截止=[5'CUTOFF,]3'CUTOFF
在移除适配器之前，从读取的 5' 和/或 3' 末端修剪低质量碱基。 如果
给定一个值，只修剪 3' 端。 如果两个逗号分隔的截断符是
给定，5' 端用第一个截止点修剪，3' 端用第二个截止点修剪。 这
算法与 BWA 使用的算法相同（请参阅文档）。 （默认：无
修剪）

--质量基础=质量基础
假设质量值被编码为 ascii(quality + QUALITY_BASE)。 这
默认值 (33) 通常是正确的，除了某些版本的读取
Illumina 管道，此处应设置为 64。（默认值：33）

--修剪-n
在读取结束时修剪 N。

-x 字首， - 字首=字首
添加此前缀以读取名称

-y 后缀， - 后缀=后缀
添加此后缀以读取名称

--strip-后缀=STRIP_SUFFIX
如果存在，请从读取名称中删除此后缀。 可以多次给予。

-c, - 色彩空间
色彩空间模式：同时修剪与找到的适配器相邻的颜色。

-d, --双重编码
在色彩空间中，对颜色进行双重编码（将 0,1,2,3,4、XNUMX、XNUMX、XNUMX、XNUMX 映射到 A、C、G、T、N）。

-t, --trim-引物
在色彩空间中，修剪底漆基础和第一种颜色（这是过渡
到第一个核苷酸）

--strip-f3
对于色彩空间：去除读取名称的 _F3 后缀

--马克, --bwa
MAQ 和 BWA 兼容的色彩空间输出。 这使 -c, -d, -t, --strip-f3 和
-y '/1'。

--长度标签=行李牌
在读取的描述字段中搜索 TAG 后跟一个十进制数。
用正确长度的修剪读取替换十进制数。 为了
例如，使用 --长度标签 'length=' 来更正像 'length=123' 这样的字段。

--无零上限
不要将负质量值更改为零。 色彩空间质量值 -1
将在输出 FASTQ 文件中显示为空格。 由于很多工具都有问题
这样，在修剪色彩空间数据时，负面质量将转换为零。
使用此选项可保留负面品质。

-z, --零上限
将负质量值更改为零。 这在默认情况下启用
-c/--colorspace 也已启用。 使用上面的选项来禁用它。

双端选项。：

这个 -A/-G/-B/-U 选项像它们一样工作 -a/-b/-g/-u 对应。

-A 适配器
3' 适配器要从成对的第二个读取中移除。

-G 适配器
5' 适配器要从成对的第二个读取中移除。

-B 适配器
5'/3 适配器要从成对的第二个读取中移除。

-U 长度
从每次读取的开头或结尾删除 LENGTH 个碱基（参见 - 切).

-p 文件， --成对输出=文件
将第二个读取成对写入 FILE。

--untrimmed-paired-输出=文件
当在第一个中找不到适配器时，将成对的第二个读取写入此 FILE
读。 将此选项与 --未修剪的输出 修剪配对端时
读。 （默认值：输出到与修剪读取相同的文件。）

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