这是命令 delta-filter，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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delta-filter - 从 nucmer 或 promer 读取 delta 对齐文件并过滤
比对
概要
增量过滤器 [选项]
商品描述
-1 1 对 1 对齐允许重新排列（交叉 -r 和 -q 对齐）
-g 1 对 1 全局对齐不允许重新排列
-h 显示帮助信息
-i 浮动
设置最小对齐标识[0, 100]，默认0
-l int 设置最小对齐长度，默认0
-m 多对多对齐允许重新排列（联合 -r 和 -q 对齐）
-q 将每个查询的每个位置映射到参考中的最佳命中，允许
参考重叠
-r 将每个引用的每个位置映射到查询中的最佳命中，允许
查询重叠
-u float 设置最小对齐唯一性，即百分比
与唯一参考AND查询序列[0, 100]的比对匹配，默认0
-o 浮动
设置最大对齐重叠 -r 和 -q 选项作为百分比
对齐长度 [0, 100]，默认 100
-v 打印丢弃的对齐而不是通过过滤器的对齐
-b 映射重复（XOR of -r 和 -q 对齐，一个或另一个但不是两个）
从 nucmer 或 promer 读取增量对齐文件并基于对齐过滤
在命令行开关上，只留下输出到的所需对齐
标准输出采用与输入相同的增量格式。 对于多个开关，操作顺序
如下： -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. 如果一个对齐被前面的
操作，它将被后续操作忽略。
之间的一个重要区别 -g 选项和 -1 和 -m 选项是 -g
要求对齐的顺序相互一致，而 -1 和 -m
选项不需要相互一致，因此可以容忍易位，
倒置等。在一般情况下， -m 选项是最好的选择，但是 -1 可
对于需要 1 对 1 映射的 SNP 查找等应用非常方便。 最后，对于
将查询重叠群或测序读数映射到参考基因组，使用 -q。 该
重复打印 -b 选项是 -r 和 -q 不存在的对齐方式
1 对 1 对齐。 这些对齐方式也是 -1 和 -m
比对
使用 onworks.net 服务在线使用 delta-filter
