这是命令detectChimera，可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或MAC OS 在线模拟器）在OnWorks 免费托管服务提供商中运行
程序：
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sim4dbutils - 用于处理 sim4db 生成的对齐文件的实用程序
convertPolishes - 在 sim4db 和 GFF3 格式之间转换
filterPolishes - 基于序列同一性、覆盖率和长度的过滤比对。
mergePolishes - 合并来自多个文件的对齐方式
sortPolishes - 按 cDNA 或基因组序列索引或序列名称对比对进行排序
convertToExtent - 从 sim4db 格式转换为单行制表符分隔格式
fixPolishesIID - 更新 sim4db 文件以使用特定 fasta 文件的序列索引。
还可用于从 sim4db 文件中提取对齐的子集。
depthOfPolishes - 输出以制表符分隔的各种抛光深度的直方图
窗口大小。
headPolishes - 打印文件中的前 N 个对齐方式，类似于 头(1)
pickBestPolish - 仅报告每个 cDNA 的“最佳”比对
pickUniquePolish - 报告有明确的单一最佳对齐方式的对齐方式
每个 cDNA。
plotCoverageVsIdentity - 生成 (1) 百分比同一性的直方图，(2) a
百分比覆盖率的直方图，以及 (3) 百分比同一性和覆盖率的列表（对于
在散点图中使用）。
uniqPolishes - 过滤掉具有多重比对 (-uniq) 或 cDNA 的所有比对
具有单一对齐（-dupl）。 相似 优衣库(1)
realignPolishes - 重新计算 sim4db 文件中列出的对齐方式。
reportAlignmentDifferences - 生成一组错误类型的直方图
比对 不支持 和 已过时
comparePolishes - 关联两个文件中的对齐。
convertToAtac - 从 sim4db 格式转换为 ATAC 格式。
detectChimera - 检查可能是嵌合的序列的比对。
mappingCoverage - 报告被覆盖的查询序列（EST、cDNA）的数量
对齐。
parseSNP - 分析 SNP 的比对。
removeDuplicate - 在输入中搜索重复对齐。
vennPolishes - 为多个 sim4db 文件生成维恩图。 旧 内部 by
EST映射器 清洁抛光剂
总结波兰语
商品描述
这些程序是一系列可以使用的实用程序 sim4db(1)-生成的对齐文件。
使用 onworks.net 服务在线使用 detectChimera
