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消化 - 关于蛋白质蛋白水解酶或试剂切割位点的报告

概要

消化 -seqall 后继 -mwdata 数据文件 -菜单 名单 -单核细胞增多症 布尔 -不受欢迎 布尔
-破烂不堪 布尔 -终点站 名单 -重叠 布尔 -所有部分 布尔
-输出文件 报告

消化 -救命

商品描述

消化 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Protein:Motifs”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-seqall 后继

-mwdata 数据文件
氨基酸的分子量数据 默认值：Emolwt.dat

其他要求 部分
-菜单 名单
默认值：1

-单核细胞增多症 布尔
默认值：N

高级 部分
-不受欢迎 布尔
如果 'KR' 后面跟着任何'KRIFLP'，胰蛋白酶通常不会在'KR' 之后切割。
如果后面跟着“P”，Lys-C 通常不会在“K”之后切割。 Arg-C 不会
如果后面跟着 'P'，通常在 'R' 之后切掉。 V8-bicarb后一般不会切割
'E' 如果后面跟着任何'KREP'。 V8-phosph 通常不会在“DE”之后切割，如果
后面跟着'P'。 胰凝乳蛋白酶通常不会在“FYWLM”后切割，如果它们是
后跟'P'。 指定不受欢迎的显示这些不受欢迎的削减以及
偏爱的。

-破烂不堪 布尔
允许半特异性和非特异性消化。 这个选项特别有用
用于生成用于蛋白质鉴定的肽序列列表，使用
质谱。

-终点站 名单
默认值：1

输出 部分
-重叠 布尔
用于部分消化。 显示来自喜欢的剪辑站点的所有剪辑以及 1..3、2..4、
3..5 等但不是（例如）2..5。 因此，重叠是只有一个的片段
其中的潜在切割位点。

-所有部分 布尔
至于重叠，但包括包含多个潜在切割位点的片段。

-输出文件 报告

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