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emma - 多序列比对（ClustalW 包装器）

概要

艾玛 -序列 后继 [-onlydend 切换] -登德 切换 -dend文件 入档 [-慢 切换]
-pw矩阵 名单 -密码矩阵 名单 -用户矩阵 变量 -成对数据文件 入档
-矩阵 名单 -用户矩阵 变量 -dmatrix 名单 -umatrix 变量
-矩阵文件 入档 -pwgopen 浮动 -pwgapextend 浮动 -ktup 整数 -间隙 整数
-topdiags 整数 -窗口 整数 -非百分比 布尔 [-间隙打开 浮动]
[-间隙扩展 浮动[-端隙 布尔[-间隙距离 整数] -诺加普 布尔
-hgapres 绳子 -nohgap 布尔 [-maxdiv 整数] -outseq 序列集
-dendout 文件 输出文件

艾玛 -救命

商品描述

艾玛 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学开放软件
套房”）。 它是“Alignment:Multiple”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 后继

-onlydend 切换
默认值：N

-登德 切换
默认值：N

-dend文件 入档

-慢 切换
计算每对序列之间的距离，这些距离用于
构建指导最终多重比对的树状图。 分数是
从单独的成对比对计算。 这些可以使用两种方法计算：
动态规划（缓慢但准确）或通过 Wilbur 和 Lipman 的方法
（极快但近似）。 慢准确方法适用于短序列
但对于许多（例如 >100）长（例如 >1000 个残基）序列来说会非常慢。
默认值：是

成对 对齐 选项
-pw矩阵 名单
描述每个氨基酸彼此相似性的评分表。
提供了三个“内置”系列的权重矩阵。 每个由几个
在不同的进化距离上工作不同的矩阵。 要查看确切
详细信息，请阅读文档。 粗略地说，我们在内存中存储了几个矩阵，
跨越全范围的氨基酸距离（从几乎相同的序列到
高度不同的）。 对于非常相似的序列，最好使用严格的权重
矩阵只给身份和最受青睐的保守派提供高分
替代品。 对于更发散的序列，使用 'softer' 是合适的
对许多其他频繁替换给出高分的矩阵。 1) 开花
（海尼科夫）。 这些矩阵似乎是执行数据库的最佳可用矩阵
相似性（同源性搜索）。 使用的矩阵是：Blosum80、62、45 和 30。2) PAM
（戴霍夫）。 自 70 年代后期以来，这些已被极其广泛地使用。 我们使用 PAM
120、160、250 和 350 矩阵。 3) 戈内特。 这些矩阵是使用几乎
与 Dayhoff 一（上图）相同的程序，但更新得多，并且
基于更大的数据集。 它们似乎比 Dayhoff 更敏感
系列。 我们使用 GONNET 40、80、120、160、250 和 350 矩阵。 我们还提供
单位矩阵对两个相同的氨基酸给出 1.0 的分数和
否则为零。 这个矩阵不是很有用。 默认值：b

-密码矩阵 名单
描述分配给匹配和不匹配的分数的计分表
（包括 IUB 歧义代码）。 默认值：我

-用户矩阵 变量

-成对数据文件 入档

矩阵 选项
-矩阵 名单
这提供了一个菜单，您可以在其中选择权重矩阵。 默认为
蛋白质是由 Gonnet 及其同事衍生的 PAM 系列。 注意，使用的是系列！
使用的实际矩阵取决于要对齐的序列的相似程度
这个对齐步骤是。 不同的矩阵在每个进化过程中的作用不同
距离。 提供了三个“内置”系列的权重矩阵。 每个由
在不同的进化距离上工作不同的几个矩阵。 查看
确切的细节，阅读文档。 粗略地说，我们将几个矩阵存储在
记忆，跨越全范围的氨基酸距离（从几乎相同的
序列到高度发散的序列）。 对于非常相似的序列，最好使用
严格的权重矩阵，只对身份和最受青睐的人给予高分
保守替换。 对于更发散的序列，使用
“更软”的矩阵可以为许多其他频繁替换提供高分。 1)
布洛萨姆（海尼科夫）。 这些矩阵似乎是最适合执行
数据库相似性（同源性搜索）。 使用的矩阵是：Blosum80、62、45 和
30. 2) PAM（戴霍夫）。 自 70 年代后期以来，这些已被极其广泛地使用。 我们
使用 PAM 120、160、250 和 350 矩阵。 3) 戈内特。 这些矩阵是导出的
使用与 Dayhoff 几乎相同的程序（上图），但更多的是
date 并且基于更大的数据集。 他们似乎比其他人更敏感
戴霍夫系列。 我们使用 GONNET 40、80、120、160、250 和 350 矩阵。 我们也
提供一个单位矩阵，该矩阵对两个相同的氨基酸给出 1.0 的分数，并且
否则得分为零。 这个矩阵不是很有用。 或者，您可以阅读
在你自己的（只有一个矩阵，而不是一个系列）。 默认值：b

-用户矩阵 变量

-dmatrix 名单
这提供了一个菜单，可以在其中选择单个矩阵（不是系列）。 默认值：
i

-umatrix 变量

-矩阵文件 入档

额外 部分
放慢 对齐 选项
-pwgopen 浮动
在成对对齐中打开间隙的惩罚。 默认值：10.0

-pwgapextend 浮动
在成对比对中将间隙扩大 1 个残基的惩罚。 默认
值：0.1

快速 对齐 选项
-ktup 整数
这是使用的完全匹配片段的大小。 增加速度（最大= 2
对于蛋白质； DNA 为 4），灵敏度降低。 对于更长的序列（例如 >1000
残留）您可能需要增加默认值。 默认值：@($(acdprotein)?1:2)

-间隙 整数
这是对快速对齐中每个间隙的惩罚。 对其影响不大
速度或灵敏度，极端值除外。 默认值：@($(acdprotein)?3:5)

-topdiags 整数
每条对角线上的 k 元组匹配数（在假想点阵图中）是
计算。 在对齐中只使用最好的（匹配最多的）。 这个
参数指定了多少。 降低速度； 增加灵敏度。 默认
值：@($(acdprotein)?5:4)

-窗口 整数
这是将使用的每个“最佳”对角线周围的对角线数。
降低速度； 增加灵敏度。 默认值：@($(acdprotein)?5:4)

-非百分比 布尔
默认值：N

间隙 选项
-间隙打开 浮动
在对齐中打开间隙的惩罚。 增加间隙打开惩罚
将减少间隙。 默认值：10.0

-间隙扩展 浮动
将差距扩大 1 个残基的惩罚。 增加间隙扩展惩罚
会使间隙变短。 终端间隙不受惩罚。 默认值：5.0

-端隙 布尔
端部间隙分离：出于以下目的，将端部间隙视为内部间隙
避免太近的间隙（由“间隙分离距离”设置）。 如果你转这个
off，为此目的将忽略末端间隙。 当您希望对齐时，这很有用
末端间隙没有生物学意义的片段。 默认值：是

-间隙距离 整数
间隙间隔距离：尝试减少间隙太靠近每个的机会
其他。 小于此距离的间隙比其他间隙受到的惩罚更大。
这并不能防止差距缩小； 它使它们不那么频繁，促进了块状
对齐的外观。 默认值：8

-诺加普 布尔
残留物特定惩罚：减少或增加的氨基酸特定间隙惩罚
比对或序列中每个位置的缺口开放惩罚。 作为
例如，富含甘氨酸的位置更有可能有相邻的间隙
比富含缬氨酸的位置。 默认值：N

-hgapres 绳子
这是一组“被认为”是亲水的残基。 它用于当
引入亲水间隙惩罚。 默认值：GPSNDQEKR

-nohgap 布尔
亲水间隙惩罚：用于增加运行中出现间隙的机会（5 或
更多残基）亲水性氨基酸； 这些很可能是环形或无规线圈
差距更常见的地区。 被“认为”为的残基
亲水性由'-hgapres'设置。 默认值：N

-maxdiv 整数
此开关将最远相关序列的对齐延迟到
最密切相关的序列已经对齐。 设置显示百分比
延迟添加序列所需的身份级别； 序列较少
与此级别相同的任何其他序列将在稍后进行比对。 默认值：
30

输出 部分
-outseq 序列集

-dendout 文件 输出文件

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