exonerate-server - 云端在线

程序：

您的姓名

exonerate-server - 用于 exonerate 的序列比较服务器

概要

免责服务器 [ 选项 ] <索引 路径>

商品描述

免责服务器 是一个用于免责序列比对程序的多线程服务器。

它使用一组序列和相应的索引文件来允许快速处理大型数据集。

产品特点

首先， .esd 文件必须由序列文件制成。 这 .esd 文件是无罪的
序列数据集文件，可用于将任何一组序列组合在一起，其中每个序列
包含唯一标识符的序列。 这是通过使用 快速2esd 效用。

快速2esd 基因组.fasta 基因组文件

接下来， .esi 文件我可以从 .esd 文件。 的 .esi 文件是一个无罪序列
索引文件，包含与特定数据集对应的索引或索引集。
这是通过使用 esd2esi 效用。

esd2esi 基因组文件 基因组

一旦 .esi 文件已经生成，可以启动 exonerate-server。

免责服务器 基因组

当服务器运行时，可以使用 exonerate 来查询服务器
命令行中的目标序列，带有服务器名称和端口号。 这
exonerate-server 的默认端口号是 12886。

开脱 查询.fasta 本地主机：12886

配置

exonerate-server 的一些命令行选项与
免除客户的责任，这些都记录在手册页中 开脱。
特定于的其他选项 免责服务器 记录在这里。

- 港口
指定服务器应侦听的端口。 默认情况下， 免责服务器
将侦听端口 12886，但可以使用此选项指定替代端口。

- 输入 <索引 档案>
指定服务器启动时要使用的索引文件。 这个选项是
强制的。 索引文件是一个 .esi 生成的文件 esd2esi 效用。

--预加载
默认情况下，包含在 .esi 文件，以及中引用的序列
相应的 .esd 文件在服务器启动时加载到内存中。
这是实现快速性能所必需的，否则会受到阻碍
频繁访问磁盘。 此选项允许索引和序列预加载
关闭，这允许服务器运行得更慢，但速度更快
启动和较小的内存占用。 不建议关闭预加载
除非测试或调试服务器。

--最大连接数
服务器是多线程的。 此选项设置客户端进程的数量
允许同时连接到服务器。 为了良好的性能，它
不应设置为超过机器上的 CPU 数量
服务器正在运行。

--冗长
设置服务器的详细级别。 如果为零，服务器将保持沉默，
数字越大，服务器报告的关于什么的消息就越多
正在发生。

接口

本节记录了之间的通信接口
客户端和服务器。 该界面为希望编写的人提供了文档
他们自己的自定义服务器位于 exonerate 后面 - 对于 exonerate 的正常使用，它
没有必要知道这一点。

该接口由客户端发送简单的命令行和服务器发送
套接字上的简单回复行。 所有的命令和回复都是简单的 ASCII 行
文本，因此可以使用 telnet 作为客户端来测试服务器。

任何命令都是一行文本，但回复可能包含多行文本。 这
回复的形式为 ：

任何回复都可以包含带有标签的行 警告： or 错误： 博曼 警告： 和 错误： 标签
客户端回显，客户端收到任何消息后退出 错误： 回复。

当服务器返回多行回复时，第一行必须显示
整个回复中的行如下： 行数： 例如，请参阅来自 得到
热休克蛋白 下面的示例会话中的命令。

客户端只会打开一个到任何服务器的连接，尽管是多线程的
服务器显然需要允许多个客户端同时连接。

命令 和 回复 用过的 in 此 界面。
命令： 版本
回复：版本

命令： 出口
回复：（没有回复 - 服务器关闭连接）

命令： 数据库信息
回复: dbinfo:

数据库信息 命令返回有关服务器上加载的数据库的信息。
返回的字段是：

dna 或蛋白质
软屏蔽或未屏蔽
数据库中的序列数
数据库中最长序列的长度
数据库中所有序列的总长度

命令： 查找
回复：查找：

查找命令用于将外部标识符映射到内部标识符
标识符。

命令： 得到 info
回复: seqinfo: [ ]

get info 命令返回有关数据库中序列的信息。 这
返回的字段是：

序列长度
gcg 格式的校验和（见下文）
外部 ID（例如来自 fasta 标头）
序列的描述行（也来自 fasta
header），该字段是可选的，可以省略。

命令： 得到 以次
回复: seq:

get seq 命令在一行上返回整个序列。

命令： 得到 子序列
回复：子序列：

get subseq 命令返回序列的一部分。 序列的开始是
位置零。 例如。 get subseq 0 0 10 将返回前 10 个碱基
数据库中的第一个序列。

命令： 集 询问
回复：好的：

seq 查询命令用于向服务器发送查询序列。 它
返回序列的长度和 gcg 校验和

命令： 转速补偿
回复：好的： 链

revcomp 查询命令使服务器反向补充查询。 这个
是为了节省两次发送查询的带宽。

revcomp target 命令是告诉服务器把数据库当作它的
反补。 客户端只在搜索时发送此命令
翻译的数据库，因此不需要为大多数类型的搜索实现。

命令： 集 停止
回复：好的：

set parameter 命令将参数从 exonerate 命令行发送到
服务器。 对于基本的客户端，这些命令都可以被忽略
实现，但不能被忽略以获得最佳性能。

命令： 得到 热休克蛋白
回复: hspset: { }
或者：hspset：空

get hsps 命令是获取 hsps 集的主要命令。 服务器
可能会返回多个 hspset。 返回的字段是：

这些 HSPset 的目标序列的内部 ID。
hsp查询起始位置
hsp 目标起始位置
hsp长度

最后三个字段代表一个 HSP，可以在一个字段上重复多次
hspset： 回复行。

A 简单 例子 客户 服务器 对话。
% telnet 本地主机 12886
正在尝试 127.0.0.1...
连接到 localhost.localdomain。
转义字符是“^]”。
％ 版本
版本：免除服务器 2.0.0
% 数据库信息
dbinfo：dna 软掩码 100000 1701 38113579
% 查找 AA159529.1
查询：88065
% 获取信息 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) 智人 cDNA
% 得到 seq 88065
seq：NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% 获得子序列 88065 10 20
子序列：TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% 设置查询 NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
好的：62 2028
% 得到 hsps
行数：15
hspset：12423 1 349 41
hspset：44900 1 356 47
hspset：61781 1 358 41 36 392 26
hspset：70065 1 349 41 36 383 26
hspset：88065 1 1 61
hspset：91032 1 357 41 36 391 26
hspset：91442 1 350 41 36 384 26
hspset：92971 1 348 41 36 382 26
hspset：94311 1 375 41
hspset：95381 1 346 41 36 380 26
hspset：96808 10 385 32 36 410 26
hspset：88449 18 11 22
hspset：91036 6 6 56
hspset：93736 36 400 26
% revcomp 查询
好的：查询strand revcomp
% 得到 hsps
行数：6
hspset：12564 0 64 26 20 83 41
hspset：61780 0 266 61
hspset：29148 0 116 61
hspset：25849 15 445 22
hspset：93938 26 265 34
％ 出口
外部主机关闭连接。

环境

尚未记录。

示例

1. 使用创建翻译索引和运行快速 protein2genome 搜索的示例
免责服务器

快速2esd 人类基因组 fasta 人类基因组 esd esd2esi --翻译是的human.genomic.esd
人类基因组转录 免责服务器 --端口 1234 human.genomic.trans.esi 开脱
pep.fasta 本地主机：1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSION

本文档随 exonerate 包的 2.2.0 版一起提供。

使用 onworks.net 服务在线使用 exonerate-server