faidx - 云端在线

程序：

您的姓名

faidx - 从 FASTA 获取序列

概要

费德克斯 [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed,chromsizes,核苷酸,转置}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g 正则表达式] [-m | -M] [--version] 快速
[地区 [地区...]]

商品描述

从 FASTA 获取序列。 如果没有指定区域，则输入文件中的所有条目都是
回来。 输入的 FASTA 文件必须一致换行，并且输出的换行
基于输入行长度。

配置

位置 参数
fasta FASTA 文件

地区
空格分隔的序列区域以获取例如 chr1:1-1000

可选 参数
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

-b 床， - 床 BED
区域床档

-o 出去， - 出去 输出
输出文件名（默认：stdout）

-i {床，铬大小，核苷酸，转置}， - 转变
{床，铬大小，核苷酸，转置}
将请求的区域转换为另一种格式。 默认值：无

-c, - 补充
补序列。 默认值：假

-r, - 逆转
颠倒顺序。 默认值：假

-n, --没有名字
从输出中省略序列名称。 默认值：假

-f, --全名
输出包括描述在内的全名。 默认值：假

-x, --拆分文件
将每个区域写入单独的文件（名称源自区域）

-l, - 懒惰的
填写 --默认序列 对于缺失的范围。 默认值：假

-s DEFAULT_SEQ， --默认序列 默认序列
缺失位置和掩蔽的默认基础。 默认值：N

-d 分隔符， --定界符 定界符
用于将名称拆分为多个值的分隔符（重复名称将
丢弃）。 默认值：无

-g 正则表达式， --正则表达式 正则表达式
用于过滤不匹配序列名称的正则表达式。 默认： 。*

-m, --mask-with-default-seq
使用屏蔽 FASTA 文件 --默认序列 默认值：假

-M, --逐个掩码
通过更改为小写来屏蔽 FASTA 文件。 默认值：假

- 版
打印 pyfaidx 版本号

使用 onworks.net 服务在线使用 faidx