这是命令 fastacmd,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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fastacmd - 从 BLAST 数据库中检索 FASTA 序列
概要
快速命令 [-[-D N] [-I] [-L 开始,停止] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d 字符串] [-i 字符串]
[-l N] [-o 文档名称] [-p 类型] [-s 字符串] [-t]
商品描述
快速命令 从一个 FASTA 格式的序列中检索 爆破(1) 数据库格式化使用
`-o' 选项。 一个例子 快速命令 电话将是
fastacmd -d nr -s p38398
配置
下面是选项的摘要。
- 打印使用信息
-D N 以某种格式转储整个数据库:
1 个
2 GI列表
3 Accession.version列表
-I 仅打印数据库信息(覆盖所有其他选项)
-L 开始,停止
要提取的序列范围(开始中的 0 是序列的开始,停止中的 0 是结束
序列,默认为整个序列)
-P N 使用蛋白质鉴定组 (PIG) 检索序列 N.
-S N 子序列上的链(仅核苷酸):
1 顶(默认)
2底部
-T 打印请求序列的分类信息
-a 检索重复的加入
-c 使用 ^A (\001) 作为非冗余定义分隔符
-d STR 数据库(默认为 nr)
-i STR 用于批量检索的带有 GIs/accessions/loci 的输入文件
-l N 序列的行长(默认 = 80)
-o 文件名
输出文件(默认 = stdout)
-p 类型
文件类型:
G 猜测(默认):寻找蛋白质,然后是核苷酸
T蛋白
F核苷酸
-s STR 逗号分隔的搜索字符串。 地理标志、种质、基因座或 fullSeq-id 字符串可能
使用, 例如, 555, AC147927, 'gnl|dbname|标签'
-t 定义行应仅包含目标 GI
退出 状态
0 成功完成。
1 发生错误(以下除外)。
2 未找到 BLAST 数据库。
3 搜索(入藏、地理标志或分类信息)失败。
4 未找到分类数据库。
使用 onworks.net 服务在线使用 fastacmd