这是命令 fastaq-filter,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
fastaq_filter - 过滤序列以获取它们的子集
商品描述
用法:fastaq_filter [选项]
按序列长度和/或匹配正则表达式的名称过滤序列文件
阵地 参数:
infile 要过滤的输入文件的名称
输出文件
输出文件名
可选 参数:
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出
--最小长度 INT
保持序列的最小长度 [0]
- 最长长度 INT
要保留的最大序列长度 [inf]
--正则表达式 正则表达式
如果给定,则只会保留名称与正则表达式匹配的读取
--ids_文件 文件名
如果给定,则仅使用 ID 在给定文件中的读取。 每行一个 ID
文件中。
-v, - 倒置
只保留与过滤器不匹配的序列
伴侣 文件 读 对 opţiuni:
--mate_in 文件名
配合输入文件的名称。 如果使用,还必须提供 --mate_out
--mate_out 文件名
配合输出文件的名称
--both_mates_pass
默认情况下,如果任一配对通过过滤器,则两者都读取输出。 使用这个标志来
要求一对的两个读数都通过过滤器
使用 onworks.net 服务在线使用 fastaq-filter