这是命令 fastq-mcf，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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fastq-mcf - ea-utils：检测适配器存在的级别、计算可能性和位置
适配器
概要
Fastq-MCF [选项] [配合1.fq ...]
商品描述
版本：1.04.676
检测适配器存在的级别，计算出现的可能性和位置（开始、结束）
适配器。 从 fastq 文件中删除适配器序列。
统计数据转到标准错误，除非 -o 已指定。
指定 -0 关闭所有默认设置
如果您指定多个“成对端”输入，则 -o 每个选项都需要。 IE：
-o 读1.clip.q -o 读2.clip.fq
配置
-h 这个帮助
-o FIL 输出文件（统计到标准输出）
-s 适配器最小长度匹配的 NN 对数比例 (2.2)
-t 适配器裁剪前的 N % 出现阈值 (0.25)
-m N 最小剪辑长度，覆盖自动缩放 (1)
-p N 最大适配器差异百分比 (10)
-l N 最小剩余序列长度 (19)
-L N 最大剩余序列长度（无）
-D N 删除重复读取：Read_1 具有相同的 N 个碱基 (0)
-k N sKew 百分比小于导致循环移除 (2)
-x N 'N'（错误读取）百分比导致循环删除 (20)
-q N 质量阈值导致碱基去除 (10)
-w 用于质量修剪的 N 窗口大小 (1)
-H 删除 >95% 的均聚物读数（否）
-X 删除低复杂度读取（否）
-0 将所有默认参数设置为零/什么都不做
-U|u 强制禁用/启用 Illumina PF 过滤（自动）
-P N Phred-scale（自动）
-R 不要从读取的前端/末端删除 N
-n 不要剪辑，只输出将要做什么
-C N 用于子采样的读取数 (300k)
-S 将所有丢弃的读取保存到“.skip”文件
-d 输出大量随机调试的东西
品质保证 调整 opţiuni:
--周期调整
CYC,AMT 按 AMT 量调整周期 CYC（负 = 偏移量）
--phred-调整
SCORE,AMT 按金额 AMT 调整分数 SCORE
--phred-调整-最大值
SCORE 调整分数 > SCORE 到 SCOTE
过滤 选项*：
--[mate-]均值
NUM 最低平均质量得分
--[伴侣-]qual-gt
NUM,THR 至少 NUM quals > THR
--[伴侣-]max-ns
读取中的 NUM Maxmium N 调用（可以是 %）
--[mate-]最小长度
NUM 最小剩余长度（与 -l)
--均聚物-pct
PCT 均聚物过滤器百分比 (95)
--lowcomplex-pct
PCT 复杂性过滤器百分比 (95)
如果使用 mate- 前缀，则应用于第二个非条形码只读
适配器文件采用“fasta”格式：
指定 n/a 关闭适配器裁剪，只使用过滤器
增加比例会使识别长度变长，比例为 100 将强制
适配器的全长识别。
标签中带有 _5p 的适配器序列将匹配 'end's，而标签中带有 _3p 的序列将匹配
他们的标签将匹配“开始”，否则“结束”是自动确定的。
偏斜是指当一个周期很差时，“偏斜”到特定的基数。 如果任何核苷酸是
小于偏斜百分比，则整个循环被删除。 禁用甲基序列，
等等
设置偏斜 (-k) 或 N-pct (-x) 到 0 将其关闭（应该对 miRNA、扩增子进行
和其他低复杂性的情况！）
重复读取过滤适用于组装任务，而不适用于读取长度
预期覆盖。 -D 50 将在 4.5m DNA 读取上使用 100GB RAM - 小心。 非常适合 RNA
部件。
*质量过滤器在剪辑/修剪后评估
均聚物过滤是低复杂度的子集，但不会单独跟踪
除非两者都打开。
使用 onworks.net 服务在线使用 fastq-mcf
