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fdnadist - 核酸序列距离矩阵程序

概要

法学家 -序列 序列集 -方法 名单 -伽马 名单 -n类别 整数 -速度 排列
-类别 [重量 ] -伽马系数 浮动
-invarfrac 浮动 -比例 浮动 -频率来自 切换 -基频 排列
[-降低 布尔[-人类可读的 布尔] -输出文件 输出文件 [-打印数据 布尔]
[-进步 布尔]

法学家 -救命

商品描述

法学家 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“系统发育：分子序列”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 序列集
包含一个或多个序列比对的文件

-方法 名单
默认值：F84 距离模型

-伽马 名单
默认值：不使用分布参数

-n类别 整数
默认值：1

-速度 排列
默认值：1.0

-类别
替代率类别文件

重量

额外 部分
-伽马系数 浮动
默认值：1

-invarfrac 浮动
默认值：0.0

-比例 浮动
默认值：2.0

-频率来自 切换
默认值：是

-基频 排列
默认值：0.25 0.25 0.25 0.25

-降低 布尔
默认值：N

-人类可读的 布尔
默认值：@($(method)==s?Y:N)

输出 部分
-输出文件 输出文件

-打印数据 布尔
默认值：N

-进步 布尔
默认值：是

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