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featureCounts - 一个高效准确的阅读摘要程序

用法

特征计数 [选项] -a -o 输入文件1 [输入文件2]
...

必需的参数：

-a
注释文件的名称。 默认为 GTF 格式。 看 -F 更多格式的选项。

-o
输出文件的名称，包括读取计数。 一个单独的文件，包括摘要
计数结果的统计信息也包含在输出中（` 。概括'）

输入文件
BAM 或 SAM 格式的输入文件列表。 用户无需指定它是 BAM 或
山姆。

可选参数：

-A
逗号分隔文件的名称，包括用于匹配的染色体别名
注释中使用的染色体名称与 BAM/SAM 输入中使用的染色体名称，如果它们是
不同的。 有关文件格式，请参阅用户指南。

-F
指定提供的注释文件的格式。 可接受的格式包括“GTF”和
“苏丹武装部队”。 'GTF' 默认。 有关 SAF 格式的说明，请参阅用户指南。

-t
在 GTF 注释中指定要素类型。 默认情况下为“外显子”。 用于读取的功能
计数将使用提供的值从注释中提取。

-g
在 GTF 注释中指定属性类型。 'gene_id' 默认情况下。 使用的元特征
读取计数将使用提供的值从注释中提取。

-f 在特征级别执行读取计数（例如，计数外显子的读取而不是
基因）。

-O 将读取分配给所有重叠的元特征（或特征，如果 -f is
指定的）。

-s
执行特定于链的读取计数。 可能的值：0（非链）、1
（搁浅）和 2 （反向搁浅）。 默认为 0。

-M 多映射读取也将被计算在内。 对于多映射读取，所有报告
对齐将被计算在内。 BAM/SAM 输入中的‘NH’标签用于检测
多映射读取。

-Q
读取必须满足的最低映射质量分数才能被计数。 为了
双端读取，至少有一个末端应满足这一标准。 默认为 0。

-T
线程数。 默认为 1。

-v 程序的输出版本。

-J 计算支持每个外显子-外显子连接的读取数。 路口是
从输入中的那些跨外显子读取中识别（在 CIGAR 中包含“N”
细绳）。 计数结果保存到一个名为 ' .jcounts'

-G
包含用于生成输入 SAM 的参考基因组的 Fasta 文件或
BAM 文件。 仅在进行结点计数时才需要此参数。

-R 输出每次读取的详细分配结果。 将生成一个文本文件
每个输入文件，包括读取的名称和元特征/特征读取是
分配给。 有关详细信息，请参阅用户指南。

--最大重叠
将读取分配给具有最大重叠数量的元特征/特征
基地。

--最小重叠
指定 read 和 a 之间所需的最小重叠碱基数
读取分配给的元特征/特征。 默认为 1。

--read2pos <5:3>
将读数减少到其 5' 最底端或 3' 最底端。 然后执行读取计数
基于单个碱基，读取减少到。

--readExtension5 读取扩展到上游从他们的基地
5'端。

--readExtension3 读取扩展到上游从他们的基地
3'端。

- 分数
对于每个报告的比对，使用分数计数 1/n，而不是 1（一）个计数
读取计数中的多映射读取。 n 是报告的比对总数
用于多映射读取。 此选项必须与“-M”选项一起使用。

- 基本的
仅计算主要比对。 主要对齐使用位 0x100 标识
SAM/BAM 标志字段。

--ignoreDup
在读取计数中忽略重复读取。 使用位识别重复读取
BAM/SAM FLAG 领域的 Ox400。 如果读取之一是，则忽略整个读取对
配对末端数据的重复读取。

--countSplitAlignmentsOnly 仅计算分割对齐（即对齐与
包含“N”的 CIGAR 字符串）。 拆分比对的一个例子是外显子跨读
在 RNA-seq 数据中。

-p 计数片段（读取对）而不是单个读取。 对于每个读取对，其
在 BAM/SAM 输入中，两个读取必须彼此相邻。

-P 计数读取对时检查配对末端距离的有效性。 用 -d 和 -D 至
设置阈值。

-d
最小片段/模板长度，默认为 50。

-D
最大片段/模板长度，默认为 600。

-B 仅计算两端成功对齐的读取对。

-S
指定来自同一对的两个读取的方向，默认为 'fr'
（正向/反向）。

-C 不要计算两端映射到不同染色体的读取对
或映射到相同的染色体但在不同的链上。

--不排序
不要对 BAM/SAM 输入中的读数进行排序。 请注意，需要来自同一对的读取
在输入中彼此相邻。

--最大MOp
CIGAR 字符串中允许的最大“M”操作数。 默认为 10。 两个都
'X' 和 '=' 被视为 'M' 并且相邻的 'M' 操作在 CIGAR 中合并
字符串。

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