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fill-ref-md5 - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 fill-ref-md5

这是命令 fill-ref-md5,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


fill-ref-md5 - 计算参考序列的 MD5 总和

概要


填充-ref-md5 [配置] .vcf.gz vcf.gz

商品描述


关于:脚本计算参考序列和插入的 MD5 总和

按照 VCFv4.1 的建议,将“reference”和“contig”标签添加到标头中。 VCF 文件
必须被压缩和 tabix 索引,因为它利用了闪电般的速度
tabix 重新标头功能。

配置


-d, - 字典
在哪里读/写计算的 MD5。 以追加模式打开,现有记录不
感动。

-i, - 信息
关于参考装配 (AS)、物种 (SP)、分类法 (TX) 的可选信息

-r, --refseq
samtools faidx索引的fasta格式的参考序列

-h, -?, - 帮帮我
此帮助信息。

示例


fill-ref-md5 -i AS:NCBIM37,SP:"Mus\ Musculus" -r NCBIM37_um.fa
-d NCBIM37_um.fa.dict in.vcf.gz out.vcf.gz

使用 onworks.net 服务在线使用 fill-ref-md5


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