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fuzznuc - 在核苷酸序列中搜索模式

概要

模糊 -序列 后继 -模式 模式 -补充 布尔 -输出文件 报告

模糊 -救命

商品描述

模糊 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Nucleic:Motifs”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 后继

-模式 模式
使用核苷酸的标准 IUPAC 单字母代码。 符号“n”是
用于接受任何核苷酸的位置。 歧义由
列出给定位置可接受的核苷酸，在方括号'[
]'。 例如：[ACG] 代表 A 或 C 或 G。歧义也由
在一对大括号“{}”之间列出不被接受的核苷酸
在给定的位置。 例如：{AG} 代表除 A 和 G 之外的任何核苷酸。每个
模式中的元素与其相邻元素用“-”分隔。 （在 fuzznuc 中可选）。
可以通过跟随该元素来指示模式元素的重复
括号之间带有数值或数值范围。 例子： N(3)
对应于 NNN，N(2,4) 对应于 NN 或 NNN 或 NNNN。 当一个模式是
仅限于序列的 5' 或 3' 末端，该模式要么以
'<' 符号或分别以 '>' 符号结尾。 句号结束该模式。
（在 fuzznuc 中可选）。 例如，[CG](5)TG{A}N(1,5)C

高级 部分
-补充 布尔
默认值：N

输出 部分
-输出文件 报告

使用 onworks.net 服务在线使用 fuzznuce