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gdcmconv - 将 DICOM 转换为 DICOM 的工具。

概要

gdcmconv [选项] 文件输入文件输出

商品描述

这个 gdcm转换 命令行程序将 DICOM 文件（file-in）作为输入并将其处理为
生成输出 DICOM 文件（file-out）。 命令行选项决定了类型
gdcmconv 将用于生成输出文件的操作。

有无库存

file-in DICOM 输入文件名

file-out DICOM 输出文件名

配置

-i --input DICOM 文件名
-o --output DICOM 文件名

具体 配置

-X --explicit 将传输语法更改为显式。
-M --implicit 将传输语法更改为隐式。
-U --use-dict 将 dict 用于 VR（默认情况下仅公开）。
--with-private-dict 为 VR 使用私有 dict（仅限高级用户）。
-C --check-meta 检查文件元信息（仅限高级用户）。
--root-uid 根 UID。
--remove-gl 删除组长度（在 DICOM 2008 中已弃用）。
--remove-private-tags 删除私有标签。
--remove-retired 删除退休标签。

图像 配置

-l --apply-lut 应用 LUT（非标准，仅限高级用户）。
-P --photometric-interpretation %s 更改光度解释（如果可能）。
-w --raw 解压图像。
-d --deflated 使用 deflated (gzip) 进行压缩。
-J --jpeg 以 jpeg 格式压缩图像。
-K --j2k 在 j2k 中压缩图像。
-L --jpegls 在 jpeg-ls 中压缩图像。
-R --rle 在 rle 中压缩图像（仅限无损）。
-F --force 在重新压缩/拆分之前强制解压缩/合并。
--generate-icon 生成图标。
--icon-minmax %d,%d 图标的最小/最大值。
--icon-auto-minmax 自动计算图标的最佳最小值/最大值。
--compress-icon 决定图标是遵循主要 TransferSyntax 还是保持未压缩。
--planar-configuration [01] 更改平面配置。
-Y --lossy 使用有损（如果可能）压缩器。
-S --split %d 用多个片段写入 2D 图像（使用最大大小）

JPEG格式 配置

-q --quality %*f 设置质量。

JPEG格式 配置

-e --lossy-error %*i 设置错误。

J2K 配置

-r --rate %*f 设置速率。
-q --quality %*f 设置质量。
-t --tile %d,%d 设置图块大小。
-n --number-resolution %d 设置分辨率数。
--irreversible 设置不可逆。

一般 配置

-h --帮助
打印此帮助文本并退出

-v --版本
打印版本信息并退出

-V --详细
详细模式（警告+错误）。

-W --警告
警告模式，打印警告信息

-E --错误
错误模式，打印错误信息

-D --调试
调试模式，打印调试信息

特别 配置

-I --ignore-errors 即使​​文件已损坏也会转换（仅限高级用户，请参阅免责声明）。

环境 变量

GDCM_ROOT_UID 根 UID

简单 用法

gdcm转换 是将损坏的 DICOM 实现转换为可正确解析的好工具
DICOM 文件。 用法很简单：

$ gdcmconv 输入.dcm 输出.dcm

或者，如果您更喜欢明确：

$ gdcmconv -i 输入.dcm -o 输出.dcm

即使 gdcmconv 可以直接覆盖同一个文件（input.dcm = output.dcm），它
建议用户首先转换成不同的文件以确保错误
由 GDCM 正确处理。

您希望以简单形式使用 gdcmconv 的典型情况：

· 将不符合cp246的文件转换成符合cp246的文件，

· 将隐式小端传输语法文件元头转换为适当的显式
小端传输语法，

·转换GE-13字节的bug，

· 转换双重语法文件：隐式/显式，

· 转换飞利浦双 Little Endian/Big Endian 文件，

· 转换 GDCM 1.2.0 损坏的 UN-2 字节字段，

· &...

· 支持的参考部分中列出的所有其他损坏的文件。

当未使用其他选项时，仅检查数据集。 如此封装的像素数据，
例如，不检查众所周知的错误。

在做这种工作时，这通常是执行某种质量的好主意
控制，请参阅 gdcmconv 质量控制参考部分（下方）。

典型 用法

文件 元 标题
运行

$ gdcmconv 输入.dcm 输出.dcm

当输入文件有问题时，重新计算文件元头是不够的。 你可能想要
使用：–check-meta

$ gdcmconv --check-meta 输入.dcm 输出.dcm

参见典型案例例如：GE_DLX-8-MONO2-PrivateSyntax.dcm 或
来自 gdcmData 的 PICKER-16-MONO2-No_DicomV3_Preamble.dcm。

转化率提升 至 明确的 转让 句法
将使用隐式传输语法写入的文件转换为显式传输
语法简单地使用：

$ gdcmconv --explicit uncompressed.dcmcompressed.dcm

压缩 至 无损 JPEG格式
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 JPEG 无损封装格式：

$ gdcmconv --jpeg uncompressed.dcmcompressed.dcm

压缩 至 有损 JPEG格式
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 JPEG 有损封装格式：

$ gdcmconv --lossy --jpeg -q 90 uncompressed.dcmcompressed.dcm

请注意：

-q 只是指定有损质量的众多方法之一，您需要检查其他 cmd 行标志以指定有损属性。

压缩 至 无损 JPEG格式
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 JPEG-LS 无损封装格式：

$ gdcmconv --jpegls uncompressed.dcmcompressed.dcm

压缩 至 有损 JPEG格式
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 JPEG-LS 有损封装格式：

$ gdcmconv --lossy --jpegls -e 2 uncompressed.dcm lossy_compressed.dcm

请注意：

-e（或--lossy-error）表示每个像素值的最大容忍误差为2

压缩 至 无损 J2K
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 JPEG-2000 无损封装格式：

$ gdcmconv --j2k uncompressed.dcmcompressed.dcm

压缩 至 有损 J2K
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 JPEG-2000 有损封装格式：

$ gdcmconv --lossy -q 55,50,45 --j2k uncompressed.dcm lossy_compressed.dcm

请注意：

-q 只是指定有损质量的众多方法之一，您需要检查其他 cmd 行标志以指定有损属性。

压缩 至 无损 RLE
要将未压缩的 DICOM 文件压缩为 RLE 无损封装格式：

$ gdcmconv --rle uncompressed.dcmcompressed.dcm

没有有损 RLE 压缩这样的东西。

分裂 封装 DICOM：
要将封装的流拆分为更小的块（每个 1024 字节）：

$ gdcmconv --split 1024 rle.dcm rle_1024.dcm

如果传递奇数个字节，它将向下舍入到下一个偶数（例如。
1025 -> 1024) 因为 DICOM 只允许值长度为偶数。

强制 （重新）压缩
有时需要使用 –force 选项。 默认情况下，当用户指定 –j2k 和
输入文件已经是 JPEG 2000 封装的 DICOM 格式，则无需操作
地方。 通过使用 –force，您可以确保（重新）压缩操作发生。

为什么要使用 –force 的现实生活示例：

· 当像素数据丢失数据/被垃圾填充时

· 当您想确保 GDCM 可以处理减压和再压缩循环时

解压 a 压缩 DICOM
$ gdcmconv --raw compression.dcm uncompressed.dcm

压缩 an 未压缩 图标
默认情况下，压缩 DICOM 图像文件时，gdcmconv 不会压缩图标。 一种
需要打开用户选项以明确强制压缩图标图像
序列像素数据

例如，默认情况下我们不会压缩 Icon Image Sequence Pixel Data 属性：

$ gdcmconv --jpeg gdcmData/simpleImageWithIcon.dcm uncompressed_icon.dcm

在以下示例中，我们将显式压缩图标图像序列像素数据
属性。 在这种情况下，主像素数据使用相同的传输语法
和来自图标图像序列的像素数据：

$ gdcmconv --jpeg --compress-icon gdcmData/simpleImageWithIcon.dcmcompressed_icon.dcm

发电 an 图标
对于某些应用程序，可能需要生成主图像的小预览以
能够快速加载该简短预览而不是主图像。 在这种情况下：

$ gdcmconv --raw --generate-icon gdcmData/test.acr test_icon.dcm

在某些情况下，主要像素数据元素表示为定义在 16 位上的像素。 自从
Icon 最多只能存储 8 位大小的像素，需要进行重新缩放操作。
为了正确选择一个更好的间隔进行重新缩放操作，用户可以
指定用于重新缩放操作的最小最大值：

$ gdcmconv --raw --generate-icon --icon-minmax 0,192 gdcmData/012345.002.050.dcm icon_minmax.dcm

改变 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 平面的 配置
通常使用不同的平面配置（RRR ... GGG ...
BBB...) 而不是通常的三元组 (RGB ... RGB ... RGB )。 所以解压后
平面配置为 1。这在 DICOM 中是完全合法的，但是这是
非常规，因此也改变平面配置和
将其设置为默认值：

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 0compressed.dcm uncompressed1.dcm

要重新反转文件“uncompressed1.dcm”的平面配置，只需执行以下操作：

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 1 未压缩1.dcm 未压缩2.dcm

无损 转换

在谈论无损转换时，有一个需要理解的歧义。
为了获得更高的压缩率，通常不使用 RGB 色彩空间，有利于
一个 YBR。 从一种颜色空间更改为另一种颜色空间（位级）不是无损的。

有关更多详细信息，请参阅所描述的真正的无损转换是什么：

http://gdcm.sourceforge.net/wiki/index.php/Color_Space_Transformations

品質 CONTROL

使用 gdcmconv 时的一个重要部分，它有一种对输出进行质量控制的方法。

您可以使用 3rd 方工具检查 gdcmconv 的输出是否正确。

DCMTK / dicom3工具
使用另一个 DICOM 实现，例如来自 DCMTK 或 dicom3tools 的实现可能是一个不错的选择
检查 gdcmconv 输出的过程。

· 对于 DCMTK 使用：dcmdump

· 对于 dicom3tools 使用：dcdump

作为参考，gdcmconv –raw 将充当 dcmdjpeg +cn +px，因为它从不尝试转换
色彩空间。

维姆： 维姆迪夫
你可以设置你最喜欢的编辑器来比较输出，例如在 vim 中：

autocmd BufReadPre *.dcm 设置 ro
autocmd BufReadPost *.dcm 静默 %!dcmdump -M +uc "%"

然后简单地做：

$ vimdiff 输入.dcm 输出.dcm

比对
在 UNIX 上，您可以使用 vbindiff 命令直观地比较二进制文件：

$ vbindiff 输入.dcm 输出.dcm

使用 onworks.net 服务在线使用 gdcmconv