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基因组音乐生存 - 为临床和突变创建生存图和 P 值
表型。

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本文档介绍基因组音乐生存0.04版（2016-01-01 23:10:18）

概要

基因组音乐生存--bam-list=? --输出目录=？ [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--generic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--分类临床数据文件=？] [--glm-临床数据文件=？]
[--表型-包括=？] [--图例放置=？] [--跳过非编码]

...音乐生存\
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf 文件 /path/myMAF.tsv \
--数字临床数据文件 /path/myNumericData.tsv \
--分类临床数据文件 /path/myClassData.tsv \
--output-dir /路径/输出目录

...音乐生存\
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf 文件 /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /路径/输出目录

...音乐生存\
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf 文件 /path/myMAF.tsv \
--generic-data-type '基因' \
--glm 临床数据文件 /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Race,Gender,TP53' \
--output-dir /路径/输出目录

所需 争论

清单 文本
要包含在分析中的样本名称列表。 （见说明）

输出目录 文本
将写入输出文件的目录

可选 争论

maf 文件 文本
MAF 格式的突变列表

跳过静音 布尔
从提供的 MAF 文件中跳过无声突变

如果未指定，则默认值 'true'

noskip-静音 布尔
使跳过静音“假”

遗传数据类型 文本
将临床数据与“基因”或“变异”水平数据相关联

如果未指定，则为默认值“基因”

数字临床数据文件 文本
样本表 (y) 与数字临床数据类别 (x)

分类临床数据文件 文本
样本表 (y) 与分类临床数据类别 (x)

glm-临床数据文件 文本
临床特征、突变谱、其他混合临床数据（见描述）。

要包含的表型 文本
在分析中仅包括这些基因和/或表型。 （逗号分隔）

图例放置 文本
选择“bottomleft”、“topleft”、“topright”或“bottomright”之一。

如果未指定，则为默认值 'bottomleft'

跳过非编码 布尔
从提供的 MAF 文件中跳过非编码突变

如果未指定，则默认值 'true'

noskip 非编码 布尔
使跳过非编码为“假”

商品描述

此命令执行生存分析并绘制突变数据的生存曲线，如
以及通过 --phenotypes-to-include 输入指定的任何感兴趣的临床特征
范围。 执行的分析包括 Kaplan-Meier 估计量，然后是 Cox
比例风险模型。 分析的每个基因/临床特征的输出包括存活率
曲线、风险比（带置信区间）和 P 值和 FDR 描述
幸存者和非幸存者之间差异的重要性。

在所有临床数据文件中搜索所需的（不区分大小写）“vital_status”
和“days_to_last_followup”列，它们通过样本 ID 与表型配对
生存分析。 所有临床数据文件的第一列必须包含样本
ID，与其他 MuSiC 工具相同。 默认情况下，对每个存在的基因进行分析
在 MAF。 可选地，分析可能仅限于通过列出特定基因
（逗号分隔）在 --phenotypes-to-include 输入参数之后。 生存分析可能
也可以通过添加列标题对临床数据文件中的其他列执行
到 --phenotypes-to-include 输入参数后指定的条目列表。

以下是创建临床数据输入文件的一些一般准则：

· 标题是必需的。

· 每个临床数据文件的第一列必须包含与这些数据匹配的样本 ID
在 --bam-list 和 MAF 变体列表中（在 MAF 中，这是
Tumor_Sample_Barcode 列，特别是）。

· 在至少一个临床数据文件输入中，列标题为“vital_status”
并且“days_to_last_followup”（不区分大小写）必须存在。 “vital_status”必须是
用 1 和 0 表示，其中 0 表示“活着”，而 1 表示“已故”。

请注意，所有输入文件必须以制表符分隔。

争论

--bam 列表
提供一个包含每个样本名称和正常/肿瘤 BAM 位置的文件。 用
每行的制表符分隔格式 [sample_name normal_bamtumor_bam]。 仅此工具
需要 sample_name，因此可以跳过所有其他列。 sample_name 必须是
与 MAF 文件中使用的肿瘤样本名称相同（第 16 列，标题为
Tumor_Sample_Barcode）。

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