这是 glam2format 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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glam2format - 将 GLAM2 图案转换为 FASTA 或 MSF 格式
概要
华丽的格式 [选项] 我的格式 my_motif.glam2
格式:fasta、msf。
商品描述
华丽的格式 读入一个由 魅力2, 并以标准对齐格式写入
(带间隙的 FASTA 或 MSF)。 这使得对齐可以传递给第三方软件,
包括图形可视化工具,如 Kalignvu、Boxshade 和 WebLogo。 在
另一方面,并非所有的主题信息都被保留:特别是关键位置
丢失了。 只有顶部的主题 魅力2 输出被转换。
配置 (默认 设置)
-o
输出文件 (标准输出).
-c
进行紧凑对齐。 默认情况下,关键位置之间插入的残基
被写成彼此不对齐。 这最能反映 魅力2的意图,但它
可以使对齐大而充满间隙。 和 -c, 插入的残基写成
彼此任意对齐,就像它们出现在 魅力2 输出。
-f
序列文件通过添加侧翼序列来进行“全局”比对
原始 FASTA 格式的序列文件。 侧翼序列将被写为
彼此不对齐或任意对齐,取决于 -c 选项。 该
序列应该有唯一的名称并且它们的顺序应该保持不变。
使用 onworks.net 服务在线使用 glam2format