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gmod_make_gff_from_dbxref.plp - 云端在线

在 OnWorks 免费托管服务提供商中通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器运行 gmod_make_gff_from_dbxref.plp

这是 gmod_make_gff_from_dbxref.plp 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


gmod_make_gff_from_dbxref.pl - 给定 dbxrefs 列表和创建 gff3 文件的工具
fasta 文件。

综合系统


% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_列表

命令行 配置


--fasta_dir 包含 fasta 文件的目录(必需)
--tmp_dir 临时目录(默认: / tmp目录)
--type SO term 用于创建的功能(默认:区域)
--source GFF 文件的第 2 列(默认值:.)

商品描述


此工具在命令行上获取制表符分隔的数据库标识符和访问列表
(如 gmod_extract_dbxref_from_gff.pl 会产生)以及包含
fasta 文件并创建一个 GFF 文件。 该脚本尝试了几个选项来识别
在 fasta 描述行中加入。 这些是它目前的类型
尝试:

>mi|5419616|mn|TC130707|
获取 TC130707

>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
获得CG180994.1

>mi|12821100|mn|2_11498(1330441)|
得到 2_11498。

> 123456
得到123456(即整条线,这是最后的手段)。

如果您有与此不同的描述行并希望帮助修改
此脚本用于处理您的数据,请通过电子邮件发送架构邮件列表:
[email protected]. 如果您自己修改脚本以使用您的
数据,请同时邮寄架构邮件列表以报告您的更改,以便他们可以
包括在内。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmod_make_gff_from_dbxref.plp


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