这是 gmx-dyndom 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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gmx-dyndom - 内插和外推结构旋转
概要
gmx 动态 [-f [<.pdb>][-n [<.ndx>][-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-第一角 [-长角 [-nframe ]
[-最大角度 [-反式 [-头 ]
[-尾巴 ]
商品描述
GMX 动态 读一个 .pdb DynDom 的文件输出(http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/)。 它
读取坐标、旋转轴的坐标和包含的索引文件
域。 此外,它将箭头文件的第一个和最后一个原子作为命令
行参数(头和尾),最后它采用平移向量(在
DynDom 信息文件)和旋转角度(也作为命令行参数)。 如果角度
由 DynDom 确定,一个应该能够恢复用于的第二个结构
生成 DynDom 输出。 由于数值精度有限,这应该是
通过计算全原子 RMSD(使用 GMX 确认) 而不是通过文件比较
(使用差异)。
该程序的目的是内插和外推由
动力系统。 结果是具有长键或短键或重叠原子的非物理结构
可能会产生。 可能需要目视检查和能源最小化来验证
结构。
配置
指定输入文件的选项:
-f [<.pdb>] (动态.pdb)
蛋白质数据库文件
-n [<.ndx>] (域.ndx)
索引文件
指定输出文件的选项:
-o [<.xtc/.trr/...>] (旋转.xtc)
弹道: 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG
其他选项:
-第一角 (0)
关于旋转矢量的旋转角度
-长角 (0)
关于旋转矢量的旋转角度
-nframe (11)
路径上的步骤数
-最大角度 (0)
DymDom 确定旋转矢量的旋转角度
-反式 (0)
沿旋转矢量的平移(埃)(参见 DynDom 信息文件)
-头 (0 0 0)
箭头向量的第一个原子
-尾巴 (0 0 0)
箭头向量的最后一个原子
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-dyndom