这是 gmx-filter 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-filter - 频率滤波器轨迹，用于制作流畅的电影
概要
gmx 过滤器 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[醇 [<.xtc/.trr/...>][-哦 [<.xtc/.trr/...>]]
[-b [-e [-dt [-[现在[-nf ]
[-[不]全部[-[否]不跳转[-[不]适合]
商品描述
GMX 过滤 对轨迹进行频率滤波。 滤波器形状为 cos(pi t/A)
+ 1 从 -A 到 +A，其中 A 由选项给出 -nf 乘以输入中的时间步长
弹道。 该过滤器将周期 A 的波动减少了 85%，周期 2*A 的波动减少了 50%
低通滤波周期为 3*A 17%。 低通和高通滤波
轨迹可以写。
附加选项 醇 写入低通滤波轨迹。 每帧写一个 -nf 输入
帧。 滤波器长度和输出间隔的这个比率确保了良好的抑制
高频运动的混叠，这对于制作流畅的电影很有用。 也是平均值
保留坐标中线性的属性，因为所有输入帧
在输出中的权重相等。 当需要所有帧时，使用 -all 选项。
附加选项 -哦 写一个高通滤波的轨迹。 高通滤波坐标为
添加到结构文件中的坐标。 使用高通滤波时使用 -合身
或确保您使用的轨迹已拟合在结构中的坐标上
文件中。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
醇 [<.xtc/.trr/...>] （低通.xtc） （可选）
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG
-哦 [<.xtc/.trr/...>] （高通.xtc） （可选）
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-nf (10)
设置滤波器长度以及低通滤波的输出间隔
-[不]全部 （否）
写入所有低通滤波帧
-[否]不跳转 （是）
消除盒子上的原子跳跃
-[不]适合 （否）
将所有框架拟合到参考结构
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-filter
