这是 gmx-gangle 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-gangle - 计算角度
概要
gmx 帮派 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>][-oall [<.xvg>][-哦 [<.xvg>]]
[-b [-e [-dt [tu ]
[-xvg [-[无]rmpbc[-[不] PB[-sf ]
[-selrpos [-自输入 [-g1 ]
[-g2 [-binw [-组1 ]
[-组2 ]
商品描述
GMX 帮派 计算向量之间不同类型的角度。 它支持两个向量
由两个位置定义，平面的法线由三个位置定义。 z 轴或
球体的局部法线也可以用作向量之一。 还有
用于计算键角和二面角的便利选项“angle”和“dihedral”
由三个/四个位置定义。
角度的类型指定为 -g1 和 -g2。 如果 -g1 is 角度 or 二面角, -g2
不应指定。 在这种情况下， -组1 应指定一个或多个选择，并且
每个都应包含定义角度的三重或四重位置
计算。
If -g1 is 向量 or 平面, -组1 应该指定包含任一对的选择
(向量) 或三胞胎 (平面) 的职位。 对于向量，位置设置端点
向量，对于平面，这三个位置用于计算法线
飞机。 在这两种情况下 -g2 指定要使用的另一个向量（见下文）。
通过 -g2 向量 or -g2 平面, -组2 应该指定另一组向量。 -组1 和
-组2 应指定相同数量的选择。 也允许只有一个
选项之一的单一选择，在这种情况下，相同的选择与
另一组中的每个选择。 类似地，对于每个选择 -组1，
对应的选择 -组2 应该指定相同数量的向量或单个
向量。 在后一种情况下，计算该单个向量和每个向量之间的角度
来自其他选择的向量。
通过 -g2 精子, 中的每个选择 -组2 应该指定一个位置，即
球体的中心。 第二个向量计算为从中心到
指定位置的中点 -组1.
通过 -g2 z, -组2 不是必需的，第一个向量和第一个向量之间的角度
计算正 Z 轴。
通过 -g2 t0, -组2 不是必需的，角度是从向量计算出来的，因为它们
在第一帧。
输出有三个选项： -oav 用时间和平均值写一个 xvg 文件
每帧的角度。 -oall 写出所有单独的角度。 -哦 写一个直方图
角度。 bin 宽度可以设置为 -binw。 对于 -oav 和 -哦，分开
为每个选择计算平均值/直方图 -组1.
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
输入轨迹或单一配置： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
输入结构： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
额外的索引组
指定输出文件的选项：
-oav [<.xvg>] (angaver.xvg) （可选）
作为时间函数的平均角度
-oall [<.xvg>] （角度.xvg） （可选）
所有角度作为时间的函数
-哦 [<.xvg>] (anghist.xvg) （可选）
角度直方图
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅当 t MOD dt == 第一次 (ps) 时才使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg （xmgrace）
绘图格式：无、xmgrace、xmgr
-[无]rmpbc （是）
为每一帧制作完整的分子
-[不] PB （是）
使用周期性边界条件进行距离计算
-sf
提供文件中的选择
-selrpos （原子）
选择参考位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮
-自输入 （原子）
默认选择输出位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮
-g1 （角度）
分析类型/第一向量组：角度、二面角、向量、平面
-g2 （无）
第二向量组类型：none、vector、plane、t0、z、sphnorm
-binw (1)
Binwidth for -oh 以度为单位
-组1
第一次分析/向量选择
-组2
第二次分析/向量选择
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-gangle
