这是 gmx-insert-molecules 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-insert-molecules - 将分子插入现有的空位
概要
gmx 插入分子 [-f [<.gro/.g96/...>][-这个 [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>][-o [<.gro/.g96/...>][-框 ]
[-nmol [-尝试 [-种子 ]
[-半径 [-规模 [-博士 ]
[-腐烂 ]
商品描述
GMX 插入分子 插件 -nmol 中指定的系统的副本 -这个 输入文件。
插入要么发生在溶质构象的空位中
-f, 或放入由 -框. 指定两者 -f 和 -框 表现得像 -f，但
在插入之前在溶质周围放置一个新框。 任何存在的速度是
丢弃。
默认情况下，插入位置是随机的（初始种子由 -种子）。 该
程序迭代直到 -nmol 分子已插入盒子中。 分子不是
插入的任何现有原子与插入的任何原子之间的距离
分子小于基于两个原子的范德华半径的总和。 一个数据库
(vdwradii.dat) 的范德华半径被程序读取，结果半径
缩放比例 -规模. 如果在数据库中未找到半径，则将这些原子分配给
（预缩放）距离 -半径.
共有 -nmol * -尝试 在放弃之前进行插入尝试。 增加 -尝试 如果你
有几个小洞要填。 选项 -腐烂 指定插入分子是否
在插入尝试之前是随机定向的。
或者，分子可以仅插入到 position.dat 中定义的位置
(-ip）。 该文件应该有 3 列 (x,y,z)，与
输入分子位置（-这个）。 因此，如果该文件应包含绝对
位置，分子在使用之前必须以（0,0,0）为中心 GMX 插入分子
（例如从 GMX 编辑配置 -中央）。 该文件中以# 开头的注释将被忽略。
附加选项 -博士 定义插入试验期间的最大允许位移。 -尝试 和
-腐烂 在默认模式下工作（见上文）。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.gro/.g96/...>] （蛋白质.gro） （可选）
要插入的现有配置： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间
-这个 [<.gro/.g96/...>] （插入.gro）
要插入的配置： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间
-ip [<.dat>] (位置.dat) （可选）
预定义的插入试验位置
指定输出文件的选项：
-o [<.gro/.g96/...>] （out.gro）
插入后的输出配置： 伟大 g96 资料库 中断特别是
其他选项：
-框 (0 0 0)
盒子尺寸（以纳米为单位）
-nmol (0)
要插入的额外分子数
-尝试 (10)
尝试插入 -nmol 时 -尝试 时
-种子 (1997)
随机生成器种子
-半径 (0.105)
默认范德华距离
-规模 (0.57)
从数据库中乘以范德瓦尔斯半径的比例因子
分享/gromacs/top/vdwradii.dat。 默认值 0.57 产生的密度接近
1000 g/l 用于水中的蛋白质。
-博士 (0 0 0)
允许在 x/y/z 中从位置的位移 -ip 文件
-腐烂
随机旋转插入的分子：xyz, z, none
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-insert-molecules