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gmx-make_edi - 为基本动态采样生成输入文件

概要

gmx make_edi [-f [<.trr/.cpt/...>][-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-柏油 [<.gro/.g96/...>][-奥里 [<.gro/.g96/...>]]
[-o [<.edi>][-xvg [-周一 ]
[-linfix [-直线加速器 [-radfix ]
[-拉达克 [-radcon [-洪水 ]
[-outfrq [-坡 [-林斯特普 ]
[-accdir [-radstep [-最大步数 ]
[-eqsteps [-deltaF0 [-deltaF ]
[-tau蛋白 [-Efnull [-T ]
[-α [-[无]克制[-[不]黑森州]
[-[无]谐波[-constF ]

商品描述

GMX 制作_edi 生成一个基本动态 (ED) 采样输入文件，用于
运行 基于协方差矩阵的特征向量（GMX 科瓦) 或从正常模式
分析（GMX 纳米格）。 ED 采样可用于操纵沿集体的位置
模拟过程中（生物）大分子的坐标（特征向量）。
特别是，它可用于通过以下方式提高 MD 模拟的采样效率
刺激系统沿着这些集体坐标探索新区域。 一个号码
实现了不同的算法来沿着特征向量驱动系统
(-linfix, -直线加速器, -radfix, -拉达克, -radcon), 保持位置沿某个 (set
的）坐标固定（-linfix)，或仅监控位置的预测
到这些坐标（-周一).

参考文献：

A. Amadei、ABM Linssen、BL de Groot、DMF van Aalten 和 HJC Berendsen； 一个
对蛋白质的基本子空间进行采样的有效方法。，J. Biomol。 结构。 达因。
13:615-626 (1996)

BL de Groot、A. Amadei、DMF van Aalten 和 HJC Berendsen； 走向穷尽
两种形式的肽激素鸟苷的构型空间采样，
J. 生物分子。 结构。 达因。 13 : 741-751 (1996)

BL de Groot、A.Amadei、RM Scheek、NAJ van Nuland 和 HJC Berendsen； 一个扩展
从大肠杆菌蛋白质中提取 HPr 的构型空间：结构。 功能。 将军
26：314-322（1996）

系统将提示您输入一个或多个与特征向量相对应的索引组，
参考结构、目标位置等。

-周一：监视坐标在选定特征向量上的投影。

-linfix：沿选定的特征向量执行固定步长线性扩展。

-直线加速器: 沿选定的特征向量执行接受线性扩展。 （步骤在
希望的方向将被接受，其他将被拒绝）。

-radfix：沿选定的特征向量执行固定步长半径扩展。

-拉达克：沿选定的特征向量执行接受半径扩展。 （步骤在
希望的方向将被接受，其他将被拒绝）。 请注意： 默认情况下
起始 MD 结构将作为半径的第一个扩展循环的原点
扩张。 如果 -奥里 指定，您将能够读取定义的结构文件
一个外部来源。

-radcon: 沿着选定的特征向量向 a 执行接受半径收缩
指定的目标结构 -柏油.

注意：每个特征向量只能选择一次。

-outfrq：写出预测等的频率（以步骤为单位） .xvg 文件

-坡：接受半径扩展的最小斜率。 新的扩张周期将是
如果半径的自发增加（以 nm/步为单位）小于该值，则开始
指定的。

-最大步数：在新循环之前，半径扩展中每个循环的最大步数
开始。

关于并行实现的注意事项：因为 ED 采样是一个“全局”的东西（集体
坐标等），至少在“蛋白质”方面，ED 采样不是很
从实现的角度来看，并行友好。 因为并行 ED 需要一些
额外的通信，预计性能会低于免费的 MD 模拟，
特别是在大量等级和/或当 ED 组包含大量原子时。

另请注意，如果您的 ED 组包含多个蛋白质，则 .tpr
文件必须包含 ED 组的正确 PBC 表示。 看看
来自参考结构的初始 RMSD，在开始时打印出来
模拟; 如果这远高于预期，则其中一个 ED 分子可能会发生偏移
由盒向量。

所有与 ED 相关的输出 运行 （指定 -eo) 被写入一个 .xvg 文件作为函数
OUTFRQ 步长的时间间隔。

备注 你可以在一个单一的
模拟（在不同的分子上）如果几个 .edi 首先连接文件。 这
约束按它们出现的顺序应用 .edi 文件。 取决于什么
在指定 .edi 输入文件，输出文件包含每个 ED 数据集

· 拟合分子与参考结构的 RMSD（对于参与的原子）
在计算 ED 约束之前拟合）

· 位置在选定特征向量上的投影

洪水：

- -洪水，您可以指定使用哪些特征向量来计算洪水潜力，
这将导致额外的力将结构驱逐出所描述的区域
协方差矩阵。 如果您切换 -restrain，则电位反转并且结构为
留在那个区域。

原点通常是存储在 eigvec.trr 文件。 有可能
改变了 -奥里 到配置空间中的任意位置。 和 -tau蛋白, -deltaF0,
和 -Efnull 您可以控制洪水行为。 Efl 是洪水强度，它是
根据自适应泛洪规则更新。 Tau 是自适应的时间常数
洪水泛滥，高 tau 意味着缓慢的适应（即生长）。 DeltaF0 是浸水强度
你想在模拟的 tau ps 之后达到。 使用常数 Efl 集 -tau蛋白 归零。

-α 是控制洪水潜力宽度的软糖参数。 值为 2
已经发现在蛋白质泛滥的大多数标准情况下都能获得良好的结果。
alpha 基本上是不完整的采样，如果你进一步采样的宽度
ensemble 会增加，这是通过 alpha > 1 来模拟的。对于限制，alpha < 1 可以
给你更小的抑制潜力。

重新启动和洪水：如果您想重新启动崩溃的洪水模拟，请找到
输出文件中的值 deltaF 和 Efl 并手动将它们放入 .edi 文件下
DELTA_F0 和 EFL_NULL。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.trr/.cpt/...>] （特征向量.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-eig [<.xvg>] （特征值.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-柏油 [<.gro/.g96/...>] （目标.gro） （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-奥里 [<.gro/.g96/...>] （来源.gro） （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

指定输出文件的选项：

-o [<.edi>] （萨姆.edi）
ED采样输入

其他选项：

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-周一
x (例如 1,2-5,9) 或 1-100:10 投影的特征向量的指数意味着 1 11
21 31 ... 91

-linfix
固定增量线性采样的特征向量索引

-直线加速器
接受线性抽样的特征向量的指数

-radfix
固定增量半径扩展的特征向量索引

-拉达克
接受半径扩展的特征向量指数

-radcon
接受半径收缩的特征向量指数

-洪水
洪水特征向量的指数

-outfrq (100)
写入输出的频率（以步进为单位） .xvg 文件

-坡 (0)
接受半径扩展的最小斜率

-林斯特普
固定增量线性采样的步长（nm/步）（加引号！“1.0 2.3
5.1 -3.1")

-accdir
接受线性抽样的说明 - 只有符号计数！ （加引号！“-1
+1 -1.1")

-radstep (0)
固定增量半径扩展的步长（nm/步）

-最大步数 (0)
每个周期的最大步数

-eqsteps (0)
在没有任何扰动的情况下运行的步数

-deltaF0 (150)
洪水的目标不稳定能量

-deltaF (0)
使用此参数启动 deltaF - 默认为 0，非零值仅用于
重新开始

-tau蛋白 (0.1)
根据 deltaF0, 0 = 适应洪水强度的耦合常数
无穷大，即恒定的浸水强度

-Efnull (0)
浸水强度的起始值。 洪水强度已更新
根据自适应洪泛方案。 对于恒定的浸水强度使用
-tau蛋白 0.

-T (300)
T是温度，如果要进行泛洪需要这个值

-α (1)
具有 alpha^2 的高斯洪水潜力的尺度宽度

-[无]克制 （否）
使用带倒号的洪水势 -> 效果作为准谐波
抑制潜力

-[不]黑森州 （否）
特征向量和特征值来自 Hessian 矩阵

-[无]谐波 （否）
特征值被解释为弹簧常数

-constF
恒力淹没：手动设置选择的特征向量的力
-flood（加引号！“1.0 2.3 5.1 -3.1”）。 不需要其他泛洪参数
直接指定力时。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-make_edi