这是 gmx-make_ndx 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-make_ndx - 制作索引文件
概要
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>][-n [<.ndx> [...][-o [<.ndx>]]
[- 原子 [-[没有]双胞胎]
商品描述
几乎每个 GROMACS 程序都需要索引组。 所有这些程序都可以
生成默认索引组。 你只需要使用 GMX 使_ndx 当你需要特别
索引组。 整个系统有一个默认索引组，9个默认索引组
对于蛋白质，每个其他残基名称都会生成一个默认索引组。
当没有提供索引文件时，也 GMX 使_ndx 将生成默认组。 和
您可以选择原子、残基和链名称和编号的索引编辑器。 跑的时候
提供输入文件，您还可以选择原子类型。 你可以使用 NOT、AND 和 OR，你
可以将基团分成链、残基或原子。 您可以删除和重命名组。
编辑器和索引文件中的原子编号从 1 开始。
-双胞胎 switch 复制所有索引组，偏移量为 - 原子，这很有用
用于计算电生理双层膜设置。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间
-n [<.ndx> [...] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件
其他选项：
- 原子 (0)
设置原子数（默认值：从坐标或索引文件中读取）
-[没有]双胞胎 （否）
复制所有具有 -natoms 偏移量的索引组
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-make_ndx
