gmx-spol - 云端在线

程序：

您的姓名

gmx-spol - 分析溶质周围的溶剂偶极子取向和极化

概要

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-b [-e [-dt [-[现在]
[-xvg [-[没有]com[-重发 [-rmin ]
[-rmax [-蘸 [-体重 ]

商品描述

GMX 斯波尔 分析溶质周围的偶极子； 它对极化水特别有用。
一组参考原子或质心参考（选项 -com) 和一组
需要溶剂原子。 该程序将溶剂原子组拆分为分子。
对于每个溶剂分子，到参考组中最近的原子或到
COM 确定。 绘制了这些距离的累积分布。 对于每个
之间的距离 -rmin 和 -rmax 距离向量和偶极子的内积
确定溶剂分子的浓度。 对于带净电荷（离子）的溶剂分子，
在选择每个离子时，从所有原子中均匀地减去离子的净电荷。
打印这些偶极子分量的平均值。 极化也是如此，
其中从瞬时偶极子中减去平均偶极子。 的大小
使用选项设置平均偶极子 -蘸，方向由来自的向量定义
所选溶剂组中的第一个原子到第二个和第二个之间的中点
第三个原子。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[没有]com （否）
使用质心作为参考位置

-重发 (1)
溶剂分子的参考原子

-rmin (0)
最大距离 (nm)

-rmax (0.32)
最大距离 (nm)

-蘸 (0)
平均偶极子 (D)

-体重 (0.01)
仓宽

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-spol