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gmx-tcaf - 计算液体的粘度

概要

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>][-oa [<.xvg>][-o [<.xvg>][-的 [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>][-ov [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-[无]摩尔[-[没有]k34]
[-重量 [-acflen [-[无]标准化[-P ]
[-fitfn [-开始适应 [-末端 ]

商品描述

GMX 咖啡因 计算横向电流自相关。 这些用于估计
剪切粘度，η。 有关详细信息，请参阅：Palmer，Phys。 修订版 E 49 (1994) 第 359-366 页。

使用 k 向量 (1,0,0) 和 (2,0,0) 计算横向电流，每个向量也在
此 y - 和 z-direction, (1,1,0) 和 (1,-1,0) 每个也在另外两个平面（这些
向量不是独立的) 和 (1,1,1) 和其他 3 个框对角线（也不是
独立的）。 对于每个 k 向量，使用正弦和余弦，并结合
2 个垂直方向的速度。 这给出了总共 16*2*2=64 个横向
电流。 为每个 k 向量计算一个自相关拟合，得到 16
TCAF。 这些 TCAF 中的每一个都适合 f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv))，v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2)，这给出了 16 个 tau 和 eta 值。 合身
权重随着时间常数 w 呈指数衰减（给定 -重量) 作为 exp(-t/w)，并且
TCAF 和拟合被计算到时间 5*w。 eta 值应拟合为 1 - a
eta(k) k^2，从中可以估计 k=0 时的剪切粘度。

当盒子是立方体时，可以使用选项 -oc，这是所有 TCAF 的平均值
具有相同长度的 k 向量。 这会产生更准确的 TCAF。 无论是立方
TCAF 和拟合被写入 -oc 立方 eta 估计值也写入 -ov.

使用选项 -摩尔，横向电流由分子而不是原子决定。 在
在这种情况下，索引组应该由分子编号而不是原子编号组成。

与 k 相关的粘度 -ov 文件应该适合 eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
获得无限波长下的粘度。

请注意： 确保你经常写坐标和速度。 最初的，
非指数，自相关函数的一部分对于获得一个非常重要
很合身。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.trr/.cpt/...>] （轨迹.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-ot [<.xvg>] (transcur.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-oa [<.xvg>] （tcaf_all.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-的 [<.xvg>] （tcaf_fit.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-oc [<.xvg>] （tcaf_cub.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ov [<.xvg>] （visc_k.xvg）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[无]摩尔 （否）
计算分子的TCAF

-[没有]k34 （否）
也使用 k=(3,0,0) 和 k=(4,0,0)

-重量 (5)
TCAF 拟合权重的指数衰减时间

-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半

-[无]标准化 （是）
标准化 ACF

-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3

-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间

-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
结束

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