这是 gmx-vanhove 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-vanhove - 计算 Van Hove 位移和相关函数
概要
gmx 范霍夫 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-om [<.xpm>][-要么 [<.xvg>][-ot [<.xvg>][-b ]
[-e [-dt [-[现在[-xvg ]
[-平方 [-调频 [-rmax [-rbin ]
[-最大 [-n级别 [-nr [-fr ]
[-rt [英尺 ]
商品描述
GMX Vanhove 计算范霍夫相关函数。 Van Hove G(r,t) 是
可以在 r_0+r 的位置找到在时间零时位于 r_0 的粒子的概率
时间 t。 GMX Vanhove 不是为向量 r 确定 G，而是为 r 的长度确定 G。 因此它
给出粒子在时间 t 内移动距离 r 的概率。 跳过
周期性边界被移除。 由于各向同性或
各向异性压力耦合。
使用选项 -om 整个矩阵可以写成 t 和 r 的函数或函数
sqrt(t) 和 r（选项 -平方).
使用选项 -要么 为一个或多个 t 值绘制 Van Hove 函数。 选项 -nr
设置次数，选项 -fr 时间之间的数字间距。 箱宽
用选项设置 -rbin. 箱的数量是自动确定的。
使用选项 -ot 到一定距离的积分（选项 -rt) 绘制为
时间的函数。
对于读取的所有帧，所选粒子的坐标存储在
记忆。 因此该程序可能会使用大量内存。 对于选项 -om 和 -ot 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。
程序可能很慢。 这是因为计算按帧数乘以
-调频 or 英尺. 请注意，与 -dt 选项内存使用和计算时间可以是
降低。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-om [<.xpm>] (vanhove.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-要么 [<.xvg>] （vanhove_r.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
-ot [<.xvg>] （vanhove_t.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-平方 (0)
在矩阵轴上使用 sqrt(t)，它在 sqrt(ps) 中进行 binspacing #
-调频 (0)
矩阵中的帧数，0 表示全部绘制
-rmax (2)
矩阵中的最大 r (nm)
-rbin (0.01)
矩阵中的 Binwidth 和 -要么 （纳米）
-最大 (0)
矩阵中的最大密度，0为计算（1/nm）
-n级别 (81)
矩阵中的级别数
-nr (1)
曲线数 -要么 产量
-fr (0)
帧间距为 -要么 产量
-rt (0)
积分限制 -ot 输出（纳米）
英尺 (0)
中的帧数 -ot 输出，0 是全部绘制
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-vanhove
