这是命令 hhfilter，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
hhfilter - 通过匹配状态的最大序列同一性和最小值过滤比对
覆盖
概要
过滤器 -i 入档 -o 输出文件 [选项]
商品描述
HHfilter 版本 2.0.16（2013 年 XNUMX 月）通过最大序列同一性过滤比对
匹配状态和最低覆盖率 (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert,
Andreas Hauser Remmert M、Biegert A、Hauser A 和 Soding J. HHblits：闪电般的速度
通过 HMM-HMM 比对进行迭代蛋白质序列搜索。 纳特。 方法 9:173-175 (2011)。
-i
读取 A3M/A2M 或 FASTA 格式的输入文件
-o
以 A3M 格式写入输出文件
-a
附加到 A3M 格式的输出文件
配置
-v
详细模式：0：无屏幕输出 1：仅警告 2：详细
-ID [0,100] 最大成对序列同一性 (%) (def=90)
-差异 [0,信息[
通过选择最多样化的序列集来过滤 MSA，至少保留这么多
每个长度为 50 的 MSA 块中的 seqs (def=0)
-冠状病毒 [0,100] 查询的最小覆盖率 (%) (def=0)
-qid [0,100] 与查询的最小序列同一性 (%) (def=0)
-qsc [0,100] 每列查询的最低分数 (def=-20.0)
-内夫 [1，无限]
对齐的目标多样性（默认值=关闭）
输入 对准 格式：
-M a2m 使用 A2M/A3M（默认）：大写 = 匹配； 小写 = 插入； '-' = 删除； '.' =
与插入物对齐的间隙（可以省略）
-M 第一
使用 FASTA：第一个序列中有残基的列是匹配状态
-M [0,100]
使用 FASTA：间隔小于 X% 的列是匹配状态
示例：hhfilter -ID 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m
使用 onworks.net 服务在线使用 hhfilter
