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hmm2search - 使用配置文件 HMM 搜索序列数据库

概要

嗯2搜索 [选项] 文件 序列文件

商品描述

嗯2搜索 从中读取 HMM 文件 和搜索 序列文件 对于显着相似
序列匹配。

序列文件 将首先在当前工作目录中查找，然后在目录中查找
由环境变量命名 爆炸数据库。 这让用户可以使用现有的 BLAST 数据库，
如果为站点配置了 BLAST。

嗯2搜索 可能需要几分钟甚至几小时才能运行，具体取决于序列的大小
数据库。 将输出重定向到文件是个好主意。

输出由四个部分组成：最佳评分序列的排名列表，
最佳评分域的排名列表，所有最佳评分域的对齐方式，以及
分数的直方图。 序列分数可能高于域分数
如果序列中有多个域，则序列相同； 序列得分需要
考虑到所有域。 所有序列得分高于 -E 和 -T 显示了截止点
在第一个列表中，然后 每周 在此列表中找到的域显示在第二个列表中
域命中。 如果需要，还可以将 E 值和比特分数阈值应用于
域列表使用 --domE 和 --domT 选项​​。

配置

-h 打印简要帮助； 包括版本号和所有选项的摘要，包括
专家选项。

-A 将对齐输出限制为 得分最高的域。 -A0 关闭
对齐输出，可用于减小输出文件的大小。

-E 将按序列排序的命中列表的 E 值截止设置为 , 哪里 是一个
正实数。 默认值为 10.0。 E 值比（小于
比）将显示此阈值。

-T 将按序列排序的命中列表的位得分截止设置为 , 哪里 is
一个实数。 默认为负无穷大； 默认情况下，阈值为
由 E 值控制，而不是由比特分数控制。 位得分高于
（大于）将显示此阈值。

-Z 计算 E 值分数，就像我们看到了一个序列数据库
序列。 默认值是在您的数据库文件中看到的序列数
.

专家 配置

--兼容
使用 HMMER 2.1.1 的输出格式，1998-2001 公开发布； 前提是
2.1.1 解析器不必重写。

- 中央处理器
设置程序将在其上运行的最大 CPU 数。 默认是使用
机器中的所有 CPU。 覆盖 HMMER_NCPU 环境变量。 仅有的
影响 HMMER 的线程版本（大多数系统上的默认设置）。

--cut_ga
使用 Pfam GA（收集阈值）分数截止值。 相当于 --globT
--domT ，但 GA2 和 GA1 截止值是从 HMM 文件中读取的。 hmm2build
如果对齐文件以 Pfam 友好的方式注释，则将这些截止值放在那里
对齐格式（扩展 SELEX 或 Stockholm 格式）和可选的 GA
存在注释行。 如果 HMM 文件中未设置这些截止值， --cut_ga
不起作用。

--cut_tc
使用 Pfam TC（可信截止）分数截止。 相当于 --globT --domT
，但 TC2 和 TC1 截止值是从 HMM 文件中读取的。 hmm2build 把这些
如果对齐文件以 Pfam 友好对齐方式注释，则在此处截断
格式（扩展 SELEX 或 Stockholm 格式）和可选的 TC 注释行是
展示。 如果 HMM 文件中未设置这些截止值， --cut_tc 不起作用。

--cut_nc
使用 Pfam NC（噪声截止）分数截止。 相当于 --globT --domT ,
但是 NC1 和 NC2 截止值是从 HMM 文件中读取的。 hmm2build 把这些
如果对齐文件以 Pfam 友好对齐方式注释，则在此处截断
格式（扩展 SELEX 或 Stockholm 格式）和可选的 NC 注释行是
展示。 如果 HMM 文件中未设置这些截止值， --cut_nc 不起作用。

--domE
将每个域排名的命中列表的 E 值截止设置为 , 哪里 是一个
正实数。 默认为无穷大； 默认情况下，所有域中的
通过第一个阈值的序列将在第二个列表中报告，因此
每个序列列表中报告的域数量与
出现在每个域列表中的数字。

--domT
将每个域排名命中列表的位得分截止设置为 , 哪里 是一个
实数。 默认为负无穷大； 默认情况下，所有域中的
通过第一个阈值的序列将在第二个列表中报告，因此
每个序列列表中报告的域数量与
出现在每个域列表中的数字。 重要 注意事项： 一个域中只有一个
序列完全由这个参数控制，或者由 --domT。 第二个和
序列中后续域的实际位得分阈值为 0，因为
HMMER 工作原理的详细信息。 HMMER 需要至少一次通过
每个序列的主模型； 做多一关（多域）
多域对齐必须比单域对齐有更好的分数，
因此额外的域必须贡献正分。 请参阅用户指南
了解更多详情。

- 向前
使用 Forward 算法而不是 Viterbi 算法来确定每个
序列分数。 每个域的分数仍然由 Viterbi 算法确定。
有些人认为 Forward 是一种更灵敏的算法，用于检测远程
序列同源物； 然而，我对 HMMER 的实验并未证实这一点。

--信息
断言输入 序列文件 是格式 ; 不要运行 Babelfish 格式
自检。 这在一定程度上增加了程序的可靠性，因为
Babelfish 会犯错误； 特别推荐用于无人值守、高
HMMER 的吞吐量运行。 有效的格式字符串包括 FASTA、GENBANK、EMBL、GCG、
PIR、斯德哥尔摩、SELEX、MSF、CLUSTAL 和 PHYLIP。 请参阅用户指南以获取
完整清单。

--null2
关闭事后第二个空模型。 默认情况下，每个对齐都由
一个后处理步骤，考虑到可能有偏见的成分
HMM 或目标序列。 这在数据库搜索中几乎是必不可少的，
尤其是局部对齐模型。 这种可能性很小
后处理可能会删除真正的匹配项，在这些情况下 --null2 可能会改善
以通过让偏向组合物降低特异性为代价的敏感性
击穿。

--pvm 在并行虚拟机 (PVM) 上运行。 PVM 必须已经在运行。 这
客户程序 hmm2search-pvm 必须安装在所有 PVM 节点上。 可选 PVM
支持必须已编译到 HMMER 中。

--xnu 打开目标蛋白质序列的 XNU 过滤。 对核酸无影响
序列。 在试验性实验中， --xnu 似乎表现不如
默认事后 null2 模型。

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