这是 Kissreads 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
kissreads -kissreads 1.2.6 的手册页
商品描述
名称kissReads，版本kissreads 模块1.2.6 - 版权所有INRIA - CeCILL 许可证
大纲亲吻读物/亲吻读物[
[
[-I] [-i 索引跨度] [-m 对齐文件] [-s] [-f] [-h]
描述 检查包含在 toCheck.fasta 中的每个序列是否被读取
连贯（每个位置至少被“min_coverage”读取覆盖），读取来自
readA.fasta 或 readB.fasta 来自 toCheck 的序列 s 被处理如下：
if (s与至少一个read set一致)：输出序列如下
> 原文 fasta 评论|C1:min 秒
与 A:min
readA.fasta 中的覆盖率 <readsA.fasta 中的平均覆盖率 - R 平方校正
在readsA.fa中的平均值<具有最大覆盖的位置的值
readA.fasta 覆盖率是完美映射一个位置的reads数
任何其他情况（与任何情况都不相关）：夫妇非阅读相关，不
输出
配置
-k size_seed：将使用长度为 size_seed 的种子。 默认值：25。
-O minimum_read_overlap：如果重叠最少，则可以映射读取
“minimal_read_overlap”。 默认值：k
-c min_coverage：一个序列至少被 min_coverage 相干读取覆盖。 默认值：2
-d max_substitutions：在一次读取和一次读取之间授权的最大替换次数
分段。 请注意，中间位置不允许替换，而
分析kissnp输出。 默认值：1。
-o file_name：写入读取一致的输出。 默认：标准输出
-u file_name：写入未读一致的输出。 默认：标准输出
-n 输入文件（toCheck.fasta）是一个kissnp输出（不兼容 -I 选项）
在这种情况下： 1/ 只考虑大字符（没有在
扩展）和 2/ 中心位置（发生 SNP 的地方）被严格映射，
该职位不得更换。
-I 输入文件（toCheck.fasta）是一个国际输出（不兼容 -n 选项）
-i index_stride（整数值）。 这是限制内存占用的启发式方法。
而不是索引包含在 toCheck.fasta 中的序列的每个 kmer，
kissreads 索引 kmer 出现在每个“index_stride”位置。 默认值 = 1（无
启发式）
-t 最大线程数（也受输入文件数限制）
-m align_file，在文件 align_file 中写入映射到序列的读取文件
-s 静音模式
-f 以标准 fasta 文件格式输出相干事件
-h 打印此消息并退出
使用 onworks.net 服务在线使用kissreads
