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macs2_bdgdiff - 基于模型的 ChIP 测序分析

商品描述

用法：macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C 截止] [-l MINLEN] [-g 最大间隙] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-前缀 前缀 | -o 文件文件文件文件文件）

可选 参数：
-h, - 帮帮我
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--t1 T1BDG
条件 1 的 MACS 堆积床图。与 callpeak 不兼容 --SPMR 输出。
所需

--t2 T2BDG
条件 2 的 MACS 堆积床图。与 callpeak 不兼容 --SPMR 输出。
所需

--c1 C1BDG
条件 1 的 MACS 控制 lambda bedGraph。与 callpeak 不兼容 --SPMR
输出。 必需的

--c2 C2BDG
条件 2 的 MACS 控制 lambda bedGraph。与 callpeak 不兼容 --SPMR
输出。 必需的

-C 隔断， - 隔断 隔断
logLR 截止。 默认值：3（似然比=1000）

-l 敏伦， --min-len 民伦
差分区域的最小长度。 尝试更大的值来移除小区域。
默认值：200

-g 最大差距， --最大间隙 最大差距
合并附近差异区域的最大间隙。 考虑更大的差距
分数。 最大间隙应小于最小长度（-g）。 默认值：100

--d1 深度1， --深度1 深度1
条件 1 的测序深度（以百万计的非冗余读数的数量）。它将是
与 --d2. 见说明 --d2 下面介绍如何分配它们。
默认值：1

--d2 深度2， --深度2 深度2
条件 2 的测序深度（以百万计的非冗余读数的数量）。它将是
与 --d1. DEPTH1 和 DEPTH2 将用于计算缩放
每个样本的因子，将较大的样本缩小到较小的水平。
例如，在比较 10 万条件 1 和 20 万条件 2 时，使用
--d1 10 --d2 20，那么条件2的bedGraph中的pileup值将被除以
2. 默认值：1

--outdir 外向
如果指定，则所有输出文件都将写入该目录。 默认值：
当前工作目录

--o-前缀 前缀
输出文件前缀。 实际文件将命名为 PREFIX_cond1.bed，
PREFIX_cond2.bed 和 PREFIX_common.bed。 与互斥 -o/--文件。

-o 档案档案档案档案， --o文件 档案档案档案档案
输出文件名。 必须按顺序给出三个参数： 1. 中唯一区域的文件
条件 1； 2. 为条件 2 中的唯一区域归档； 3. 公共区域文件
在这两种情况下。 注：与互斥 --o-前缀.

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