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Maqview - Maq 对齐索引器和查看器

概要

索引 -i|-v|-b [-c .cns] 地图 [CHR[:开始[-结束]] [...]]

马克视图 [-c .cns] 地图

商品描述

微视 是一组实现对对齐文件的快速随机访问的程序
由`生成q map'，并使用漂亮的 GUI（图形用户
界面）。 它在速度、内存和磁盘使用方面非常高效。 微视 是基于
OpenGL 并且已知可以在 Mac OS X 和 Linux 上运行。 原则上移植到Windows
简单。

索引
索引 -i|-v|-b [-c .cns] 地图 [CHR[:开始[-结束]] [...]]

-i 索引对齐文件

-v 以`maq mapview'格式打印指定区域的对齐方式

-b 以二进制 .map 格式转储指定区域中的对齐方式

-c 文件 索引 Maq 共识文件，同时在 maqview 中查看

曲目 索引 索引 maq 对齐文件 地图 或快速检索所有读入
一个或多个区域。 之一 -i, -v 和 -b 必须使用。 为了 -v or -b， 最后一个
必须指定像“chrX”、“chrX:1000”或“chrX:1,000-2,000”这样的区域。 多个区域
被允许。

马克视图
马克视图 [-c .cns] 地图

-c 文件 Maq 共识文件

曲目 马克视图 在图形窗口中显示读取对齐。 什么时候 .cns is
指定，顶部序列是参考，其次是 Maq 共有序列；
否则，将计算多数规则共识。

Maqview 有两个视图：序列视图和框视图。 在序列视图中，读取序列
将打印在屏幕上。 较深的碱基表示较低的碱基质量和红色的
显示与参考相比的差异，如果 .cns 被指定或到
如果不是，则多数规则共识。 在框视图中，不同类型的核苷酸是
用颜色框表示，A 为绿色，C 为青色，G 为橙色，T 为红色，深色为
灰色为 N。颜色的饱和度表示基础质量和粗细线
读取数显示读取比对的映射质量。 仅支持放大/缩小
在框视图中。 在两种视图中，窗口底部的状态栏都会显示一些
有关按键触摸的信息，并读取鼠标指向的名称和基本质量。

导航对齐是通过各种键绑定来完成的。

· 按键绑定：

? 显示帮助
出口
序列视图
框视图
p 切换到上一个参考序列
n 切换到下一个参考序列
r 刷新

移动到所指的位置
H / 左移一垒
升/ 向右移动一个基地
千 / 向上移动一行
j / 向下移动一行
> 移至下一个阅读
< 移到上一个阅读
G / 移动到当前引用的开头
G / 移动到当前引用的末尾
你 / 左移一页
/ 向右移动一页
移动 100 个碱基
移动 1000 个碱基

+ 添加新视图
- 删除当前视图

打开/关闭右侧自动滚动
^b 打开/关闭左自动滚动
+ 放大
- 缩小
0 缩放到默认比例
q 切换显示/隐藏映射质量
e 切换显示 SE/PE 映射质量
o 打开一个新的对齐文件

· 输入一个整数，然后按跳到需要的位置。

· 输入一个整数，然后按其他键加快滚动速度
指定的因素。

· 左键单击并拖动正方形中的黄色十字可沿序列移​​动。 对
单击引用以突出显示一列。

使用 onworks.net 服务在线使用 maqview