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mia-3ddistance-stats - 评估两个标记图像的距离统计信息。

概要

mia-3dd距离统计 -i -r -o [选项]

商品描述

mia-3dd距离统计 该程序用于评估相等之间的距离
两个图像中的标记区域。 输出文件是一个包含距离的 csv 文件
测试图像中的每个标记坐标采用以下形式：

标签，n 个样本，距离，距离，...

一个简单的 R 程序从这个数据中获取一些每个标签的统计信息看起来像

args <- commandArgs(TRUE)
数据 <- read.csv(args[1], header=FALSE)
对于 ( i in 1:dim(data)[1] ) {
行 <- 数据 [i,]
标签 <- as.integer(line[1])
end_range <- 2 + as.numeric(line[2])
s <- as.numeric(line[3:end_range])
结果 <- sprintf("%d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f0
标签、均值、sqrt(var(s))、中值(s)、最大值(s))
猫（结果）
}

配置

文件IO
-i --in-labels=（输入，必填）； io
输入标签图像有关支持的文件类型，请参阅插件：3dimage/io

-r --ref-labels=（输入，必填）； io
参考标签图像有关支持的文件类型，请参阅插件：3dimage/io

-l --label-map=(输入); 细绳
标签编号的可选映射

-o --out-file=（输出，需要）； 细绳
要写入距离的输出文件名。 输出文件是一个csv文件，
包含为每个标签列出的距离。

政策和帮助 & 资料包
-V --verbose=警告
输出的详细程度，打印给定级别和更高优先级的消息。
从最低级别开始支持的优先级是：
info - 低级消息
追踪 - 函数调用跟踪
失败 - 报告测试失败
警告 - 警告
错误 - 报告错误
调试 - 调试输出
的话 - 普通消息
致命 - 只报告致命错误

- 版权
印刷版权信息

-h --帮助
打印此帮助

-？ - 用法
打印一个简短的帮助

- 版
打印版本号并退出

处理中
--线程=-1
用于处理的最大线程数，这个数字应该更低
或等于机器中逻辑处理器内核的数量。 (-1:
自动估计）。用于处理的最大线程数，这
number 应该小于或等于逻辑处理器内核的数量
机器。 （-1：自动估计）。

插件： 二维图像/IO

分析 分析 7.5 图像

可识别的文件扩展名：.HDR、.hdr

支持的元素类型：
无符号 8 位，有符号 16 位，有符号 32 位，浮点 32 位，
浮点 64 位

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名：.@

迪康 Dicom 图像系列作为 3D

可识别的文件扩展名：.DCM、.dcm

支持的元素类型：
有符号 16 位，无符号 16 位

HDF5 HDF5 3D图像IO

可识别的文件扩展名：.H5、.h5

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、有符号 64 位、无符号 64 位、浮动
点 32 位，浮点 64 位

因里亚 INRIA 图像

可识别的文件扩展名：.INR、.inr

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

MHD MetaIO 3D 图像 IO 使用 VTK 实现（实验性）。

可识别的文件扩展名：.MHA、.MHD、.mha、.mhd

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

尼夫提 NIFTI-1 3D 图像 IO

可识别的文件扩展名：.NII、.nii

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位，无符号 32 位，有符号 64 位，无符号 64 位，浮点 32
位，浮点 64 位

声波 VFF 太阳光栅格式

可识别的文件扩展名：.VFF、.vff

支持的元素类型：
无符号 8 位，有符号 16 位

远景 3D视图

可识别的文件扩展名：.V、.VISTA、.v、.vista

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

vti 3D 图像 VTK-XML 输入和输出（实验性）。

可识别的文件扩展名：.VTI、.vti

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

虚拟机 3D VTK 图像传统输入和输出（实验性）。

可识别的文件扩展名：.VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

例

评估 image.v 中每个可用标签到相应标签的距离
图像 reference.v ans 将结果存储为一个逗号分隔的值列表，即
距离.csv。

mia-3ddistance-stats -i image.v -r reference.v -o distances.csv

作者

格特·沃尔尼

版权

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选项“--版权”。

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