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mipe2dbSTS - 云端在线

在 OnWorks 免费托管服务提供商中通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器运行 mipe2dbSTS

这是 mipe2dbSTS 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


mipe2dbSTS.pl - 生成提交给 dbSTS 的输入文件
包含在输出中:dbSTS 提交的 STS 部分
基于 MIPE 版本 v1.1
参数:* mipe_file
* 配置文件
*(可选)PCR ID 列表

配置文件由包含键和值的行组成,由等号 ('=') 分隔。
密钥由 NCBI 提交文件的小写名称组成(参见网站 dbSTS),后跟
下划线和该文件中字段的小写名称。
应在配置文件中定义以下字段:
pub_title=
pub_作者=
来源名称=
source_organism=
cont_name=
cont_fax=
联系电话=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
协议名称=
协议_协议=
缓冲区名称=
缓冲区_缓冲区=
sts_pcr_profile=
对于 protocol_protocol、buffer_buffer 和 sts_pcr_profile,需要更多行(参见示例)。

配置文件的示例如下所示:
pub_title=鸡 SNP 的遗传图谱
pub_authors=Aerts,JA; 维嫩达尔,T.; 克鲁伊曼斯,RPMA; 格罗嫩,妈妈
source_name=鸡基因组 DNA
source_organism=金鸡
cont_name=简·阿尔茨
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=动物育种和基因组学组
cont_inst=瓦赫宁根大学
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH 瓦赫宁根,荷兰
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=模板:30-60 ng
protocol_protocol=引物:每个 4 uM
protocol_protocol=dNTPs:每个 200 uM
protocol_protocol=Taq:0.3 个单位
protocol_protocol=体积:12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2:1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4:20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl:75 mM
buffer_buffer=吐温 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH 值:8.8

使用 onworks.net 服务在线使用 mipe2dbSTS


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