这是 NEXUSnormalizer 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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NEXUSnormalizer - 用一致的缩进和标准将 NEXUS 文件重写为标准输出
句法
商品描述
NEXUSnormalizer 读取文件并将文件重写为标准输出
缩进和语法。
这个 最先进的 常见 用法 is 简单地说：
NEXUS标准化器
配置
-h 在命令行上显示此帮助消息
-q 读取文件时抑制 NCL 状态消息
-l读取文件并将文件的每一行视为 NEXUS 文件的路径
-a 输出 AltNexus（树中没有转换表）
-x 不要将树中的内部标签验证为分类标签
-X 不要将树中的数字视为分类群编号，而是将它们视为任意数字
标签（不应与 NEXUS 文件一起使用）。
-s控制 NEXUS 严格程度。
默认级别相当于 -S2 调用程序 -S3 或更高
number 会将一些警告转换为致命错误。 运行 -S1 会引发
解析器接受危险的构造，并运行 -S0 会导致
解析器尽一切努力完成文件的解析（警告非常严重
错误）。
请注意，当 -S0 使用了严格级别，并且解析器无法完成，它
通常是比报告中报告的错误更早的错误的结果
最后一条消息。
-i指定要创建的交错页的长度
-f指定预期的输入文件格式：
-fnexus
NEXUS（这也是默认值）
-法法斯塔
fasta 中的氨基酸数据
-fdnafasta
fasta 中的 DNA 数据
-弗纳法斯塔
fasta 中的 RNA 数据
可以遵循的格式名称的完整列表 -f 标志是：
关系
德纳法斯塔
阿法斯塔
纳法斯塔
丁香脂
萘普生
阿菲利普
离散飞利浦
dnaphylip 交错
萘酚交错
氨基酸交错
离散phylipinterleaved
脱氧核糖核酸
纳松菲利普
放松的飞利浦
离散松散的飞利浦
dnarrelaxed phylip 交错
rnarelaxed phylip 交错
aarelaxedphylip交错
离散松弛phylipinterleaved
脱氧核糖核酸
纳尔恩
氨基酸
飞利浦
放松的phyliptree
连接器
脱氧核糖核酸
氨基酸
萘芬
使用 onworks.net 服务在线使用 NEXUSnormalizer
