这是命令 obgrep,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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奥格勒普 — 使用 SMARTS 的高级分子搜索程序
概要
奥格勒普 [配置] 'SMARTS 模式' 文件名
商品描述
obgrep 工具可用于在多分子数据库文件中搜索分子
(例如,SMILES、SDF 等)或跨多个文件。
配置
如果只给出了文件名,obgrep 将尝试从文件名中猜测文件类型
延期。
-c 打印匹配数
-f 完全匹配,仅当重原子数也相等时才打印匹配分子
到 SMARTS 模式中的原子数
-i 格式
指定输入和输出格式,请参阅 巴贝尔(1) 对于可用格式
-n 只打印分子的名称
-t # 仅当模式在分子内出现 # 次时才打印分子
-v 反转匹配,打印不匹配的分子
示例
请注意,在所有示例中,SMARTS 模式都用单引号 '...' 括起来以确保
它不会被外壳改变。
打印所有带有甲胺基团的分子:
obgrep 'CN' database.smi
打印所有没有甲胺基团的分子:
obgrep -v 'CN' database.smi
打印没有甲胺基团的分子数:
obgrep -v -c 'CN' database.smi
打印甲胺(如果文件中存在):
obgrep -f 'CN' database.smi
打印甲胺和/或甲醇(如果存在):
obgrep -f 'C[N,O]' database.smi
打印目录中所有SMILES文件中所有带有芳香碳的分子(即*.smi)
obgrep 'c' *.smi
使用 onworks.net 服务在线使用 obgrep