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phyml - 使用最大似然估计系统发育

概要：

phyml [命令参数]

下面的所有选项都是可选的（“-i”除外，如果您想使用命令行
界面）。

命令选项：

-i （或 - 输入) 序列文件名

序列文件名 是 PHYLIP 中核苷酸或氨基酸序列文件的名称
格式。

-d （或 - 数据类型) 数据类型

数据类型 是 'nt' 代表核苷酸（默认），'aa' 代表氨基酸序列，或
'generic'，（在此处使用 NEXUS 文件格式和 'symbols' 参数）。

-q （或 --顺序)

将交错格式（默认）更改为顺序格式。

-n （或 - 多) nb_数据集

nb_数据集 是一个整数，对应于要分析的数据集的数量。

-p （或 --pars) [] 使用最小简约起始树。 考虑到此选项
当“-u”选项不存在时，以及当要进行树拓扑修改时。

-b （或 --引导程序) INT

INT > 0: int 是引导复制的数量。

INT = 0: 近似似然比检验和引导值都不是
计算。

INT = -1：近似似然比测试返回 aLRT 统计数据。

INT = -2: 近似似然比测试返回基于 Chi2 的参数分支
支持。

INT = -4：（默认）类似 SH 的分支单独支持。

-m （或 - 模型) 模型

模型：替代模型名称。 —— 核苷酸基于模型： 港币85 （默认） |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | 定制 （对于自定义选项，一串
六位数字标识型号。 例如，000000)

对应于 F81（或 JC69，前提是核苷酸频率的分布为
制服）。 012345 对应于 GTR。 此选项可用于编码任何
嵌套在 GTR 中的模型。

- 氨基酸 基于模型： LG （默认） | WAG | 联合技术 | 倒车 | 戴霍夫 | 输出端 |
转速 | CPREV | VT 开花62 | 妈妈 | 艺术 | 艾滋病毒 | 艾滋病毒 | 定制

--aa_rate_file 文件名

文件名 是提供氨基酸替换率的文件名
PAML 格式的矩阵。 分析氨基时必须使用此选项
带有“自定义”模型的酸序列。

-f e, m或 fA,fC,fG,fT

e ：字符频率确定如下：

- 核苷酸序列：（经验）估计平衡基频
通过计算比对中不同碱基的出现。

- 氨基酸序列：（经验）平衡氨基酸频率是
通过计算比对中不同氨基酸的出现来估计。

m ：字符频率确定如下：

- 核苷酸序列：（ML）平衡基频估计使用
最大似然

- 氨基酸序列：（模型）平衡氨基酸频率为
使用替代模型定义的频率进行估计。

"fA,fC,fG,fT" ：仅对基于核苷酸的模型有效。 fA、fC、fG 和 fT 是
分别对应A、C、G、T频率的浮点数
（警告：不要在核苷酸频率值之间使用任何空格，
只有逗号！）

-t （或 --ts/电视） ts/tv_比率

ts/tv_比率 ：转变/颠换比。 仅 DNA 序列。 可以是固定的
正值（例如：4.0）或 e 以获得最大似然估计。

-v （或 --pinv) prop_invar

prop_invar: 不变位点的比例。 可以是[0,1]中的一个固定值
range 或 e 以获得最大似然估计。

-c （或 --n类) nb_subst_cat

nb_subst_cat ：相对替代率类别的数量。 默认：
nb_subst_cat=4. 必须是正整数。

-a （或 - α) 伽玛

伽玛 ：伽马分布形状参数的分布。 可以是固定的
正值或 e 得到最大似然估计。

-s （或 - 搜索) 移动

树拓扑搜索操作选项。 可以是 NNI （默认，快速）或 SPR (a
比 NNI 慢一点）或 最佳 （最好的 NNI 和 SPR 搜索）。

-u （或 --输入树) 用户树文件

用户树文件 : 起始树文件名。 树必须是 Newick 格式。

-o 的params

此选项侧重于特定的参数优化。

的params=tlr : 树拓扑 (t)、分支长度 (l) 和速率参数 (r) 分别为
优化。

的params=tl : 优化树拓扑和分支长度。

的params=lr ：优化分支长度和速率参数。

的params=l : 优化分支长度。

的params=r : 速率参数被优化。

的params=n : 没有优化参数。

--rand_start

此选项将初始树设置为随机。 仅当 SPR 搜索为
被执行。

--n_rand_starts NUM

NUM 是要使用的初始随机树的数量。 仅当 SPR 时有效
将进行搜索。

--r_种子 NUM

NUM 是用于启动随机数生成器的种子。 必须是整数。

--print_site_lnl

在文件 *_phyml_lk.txt 中打印每个站点的可能性。

--打印跟踪

在文件中打印在树搜索过程中探索的每个 phyLOGeny
*_phyml_trace.txt。

--运行ID ID_字符串

附加字符串 ID_字符串 在每个 PhyML 输出文件的末尾。 此选项可能
在运行涉及 PhyML 的模拟时很有用。

- 安静的

没有交互式问题（以批处理模式运行）和安静的输出。

--无内存检查

没有关于内存使用的交互式问题（以批处理模式运行）。 正常输出
除此以外。

--alias_subpatt

站点别名是在子树级别泛化的。 有时导致更快
计算。 参见 Kosakovsky Pond SL, Muse SV, Sytematic Biology (2004)
例。

--启动进度显示 NUM （默认 = 20）

NUM 是引导程序进度条更新的频率。 必须是
一个整数。

类PHYLIP 接口

您也可以使用不带参数的 PhyML，在这种情况下，通过以下方式更改参数的值
键入屏幕上显示的相应字符。

示例

DNA交错序列文件，默认参数：

物理层 -i 序列1

AA交错序列文件，默认参数：

物理层 -i 序列2 -d aa

AA 序列文件，自定义：

物理层 -i 序列3 -q -d aa -m 联合技术 -c 4 -a e

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