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入门 - 在云中在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 Primese

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令入门

程序:

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引物 - 用于选择 PCR 引物的简单版本的引物 3

概要


底漆 -序列 后继 [-目标区域 范围[-最小 整数[-最大尺寸 整数]
[-最大差异 浮动[-解释标志 布尔[-numreturn 整数] -输出文件 输出文件

底漆 -救命

商品描述


底漆 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“Nucleic:Primers”命令组的一部分。

配置


输入 部分
-序列 后继
从中选择引物的序列。 序列必须以 5' -> 3' 呈现

额外 部分
-目标区域 范围
如果指定了一个或多个目标,则合法引物对必须至少位于一个
其中。 Target 可能是一个简单的序列重复位点(例如 CA 重复)或
单碱基对多态性。 该值应该是一个以空格分隔的列表
, 对在哪里是目标的第一个碱基的索引,并且
是最后一个 例如 50,51 需要引物包围位置 2 处的 50 个碱基
和51。

-最小 整数
引物的最小可接受长度。 必须大于 0 且小于或等于
到最大尺寸。 默认值:18

-最大尺寸 整数
引物的最大可接受长度(以碱基为单位)。 目前这个参数不能
大于 35。此限制由 Primer3 的最大寡核苷酸大小控制
熔化温度有效。 默认值:27

-最大差异 浮动
熔融温度之间的最大可接受(无符号)差异
正向和反向引物。 默认值:100.0

输出 部分
-解释标志 布尔
如果此标志为非 0,则产生 LEFT-EXPLAIN 和 RIGHT-EXPLAIN 输出,它们是
旨在提供有关 Primer3 检查的引物对数量的信息,
以及因各种原因被丢弃的数量的统计。 默认值:N

-numreturn 整数
要返回的最大引物对数。 返回的引物对按以下顺序排序
它们的“质量”,换句话说,取决于目标函数的值(其中较低的
数字表示更好的引物对)。 注意:将此参数设置为大
值会增加运行时间。 默认值:5

-输出文件 输出文件

使用 onworks.net 服务在线使用引物


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