这是命令 profbval，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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profbval - 从序列中预测柔性/刚性残基
概要
事实证明
商品描述
PROFbval 是一种基于 X 射线结构的骨干 B 值数据训练的神经网络。
PROFbval 接受了一组序列独特的高分辨率蛋白质结构的训练
PDB。
蛋白质表面上给定残基的迁移率与其功能作用有关。
蛋白质中原子迁移率的常用度量是来自 X 射线晶体学的 B 值数据
结构。 PROFbval 是一种从氨基酸序列预测骨架 B 值的方法。
PROFbval 可用于蛋白质结构和功能预测。 例如，
生物学家可以通过识别最灵活的抗原决定簇来定位潜在的抗原决定簇
蛋白质表面的残留物。 此外，晶体学家可以定位残基
可能具有高实验 B 值。
转化率提升 of PSI-爆炸 对准 至 高速服务供应商 格式
可以在以下位置找到最新的程序
.
1. 将 BLAST 输出转换为单一比对格式 (SAF)：
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
安全=
2. 将 SAF 格式转换为 HSSP：
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
文件输出= exeConvertSeq=convert_seq
3. 过滤结果到 80% 冗余：
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 文件输出=
输出 格式
此说明适用于默认输出格式。
数
残数
残留
残留类型
两个输出节点之间差异的原始原始值
标准
预测归一化的 B 值，这些值被归一化，所以在给定的序列中
平均值为 0，标准差为 1。值越大越多
预计残基是灵活的。
非严格模式 (NS)
指示在一个灵活的残基上。 根据 NS 模式，大多数残基是
灵活的; 因此，预测为刚性的表面上的残留物很可能
具有功能性作用。
严格模式 (S)
指示在一个灵活的残基上。 根据 S 模式，大约有三分之一的残基
是灵活的，因此，一段被预测为灵活的残基可能
对蛋白质功能很重要。
参考文献：
Schlessinger A、Yachdav G 和 Rost B. PROFbval：预测在
蛋白质。 生物信息学。 2006 年 1 月 XNUMX 日；22（7）：891-3。
Schlessinger A、Rost B. 根据序列预测的蛋白质柔韧性和刚性。
蛋白质。 2005 年 1 月 XNUMX 日；61（1）：115-26。
配置
FASTA_文件
包含 fasta 格式的蛋白质氨基酸序列的文件。
RDBPROF_FILE
PROF 以 rdb 格式预测二级结构和溶剂可及性。
HSSP_文件
PSI-BLAST 比对配置文件转换为 HSSP 格式。
输出文件
最终 PROFbavl 输出文件的名称。 您可以提供多个输出文件。 你
然后可能还想给出一个输出模式列表，每个输出文件一个。
用“,”分隔条目（文件名中不允许使用逗号）。
窗口
这是输出所需的平滑窗口。 该方法是在窗口上训练的
9。
输出模式
PROFbval 可以为不同的目的创建不同格式的输出文件。 这
包的默认输出模式是 6。您可以提供多种输出模式。 你
然后可能还想给出一个输出文件列表，每个输出模式一个。
用“,”分隔条目。
模式：'-1'、'0'、'1'、'2'、'3'、'4'、'5'、'6'、'snap'、'snapfun'
5为 元障碍(1)
抢购
快玩
对于 快玩(1)
DEBUG
默认值：0。使用 1 启用。
例
profbval /usr/share/doc/profbval/examples/cad23.f /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.hssp cad23.profbval 9 6
环境
PROFBVAL_ROOT
用于查找的目录 ./scr/createDataFile.pl, ./scr/PROFbval.pl 和
./nn_files/jct.in. 如果未设置 /usr/共享/profbval 用来。
使用 onworks.net 服务在线使用 profbval
