pymvpa2-mkds - 云端在线

程序：

您的姓名

pymvpa2-mkds - 从各种来源创建 PyMVPA 数据集

概要

pymvpa2 MKDS [- 版[-h[-i [数据集 [数据集 ...]]] [--txt-数据 VALUE [VALUE ...] |
--npy-数据 VALUE [VALUE ...] | --mri-数据 图像 [图像 ...] | --openfmri-modelbold SPEC
SPEC SPEC SPEC[--添加sa VALUE [VALUE ...]] [--添加-fa VALUE [VALUE ...]] [--add-sa-txt
VALUE [VALUE ...]] [--add-fa-txt VALUE [VALUE ...]] [--添加-sa-attr 文件名[--add-sa-npy
VALUE [VALUE ...]] [--add-fa-npy VALUE [VALUE ...]] [- 面具 图像[--添加卷属性 ARG
ARG[--add-fsl-mcpar 文件名] -o OUTPUT [--hdf5-压缩 型]

商品描述

从各种来源创建 PyMVPA 数据集。

此命令转换来自各种来源的数据，例如文本文件、NumPy 的 NPY 文件、
和 MR（磁共振）图像转换为 PyMVPA 数据集，该数据集以 HDF5 格式存储。
可以将任意数量的样本和特征属性添加到数据集中，并且
可以从异构源读取单个属性（例如，它们不必是
全部来自文本文件）。

对于来自 MR 图像的数据集，此命令还支持额外的自动转换
图像转换为（体积）特征属性。 这对于描述特征很有用
例如，使用地图集标签。

在命令行上组合属性

可选项 --添加sa 和 --添加-fa 可用于直接在 上组合数据集属性
命令行。 语法是：

... --添加sa [数据类型]

其中可选的“DTYPE”是 NumPy 数据类型的任何标识符（例如“int”，或
'float32'）。 如果未指定数据类型，则属性值将为字符串。

如果只给出一个属性值，它将复制并分配给
数据集。

从文本文件中加载数据

从文本文件加载数据的所有选项都支持可选参数来调整
转换：

... --add-sa-txt [分隔符 [DTYPE [SKIPROWS [评论]]]]

其中“DELIMITER”是用于分隔输入文件“DTYPE”中的值的字符串
是 NumPy 数据类型的任何标识符（例如“int”或“float32”），“SKIPROWS”是
整数表示相应文件开头的行数
忽略，'COMMENTS' 是一个字符串，指示如何被忽略的注释行
文件中的前缀。

从 NUMPY NPY 文件中加载数据

从 NumPy NPY 文件加载数据的所有选项都支持一个可选参数：

... --add-fa-npy [记忆图]

其中“MEMMAP”是一个标志，用于触发相应文件是否应被读取
内存映射，即不（立即）读入内存。 通过以下方式启用：
是|1|真|启用|开'。

配置

- 版
显示程序的版本和许可证信息并退出

-h, - 帮帮我, --帮助-np
显示此帮助消息并退出。 --帮助-np 强制禁用寻呼机的使用
用于显示帮助。

-i [数据集[数据集...]]， - 输入 [数据集[数据集...]]
一个或多个 PyMVPA 数据集文件的路径。 所有数据集将合并为一个
按规格顺序排列的单个数据集（vstack'ed）。 在某些情况下，此选项可能
如果有多个但独立的输入数据集，则需要多次指定
必需的。

输入 data 来源：
--txt-数据 值 [值 ...]
从文本文件加载样本。 第一个值是数据的文件名
从加载。 描述了修改数据加载方式的附加值
在“从文本文件加载数据”部分中。

--npy-数据 值 [值 ...]
从 Numpy .npy 文件加载样本。 支持压缩文件（即 .npy.gz）
以及。 第一个值是将从中加载数据的文件名。 额外的
修改数据加载方式的值在“加载数据
来自 Numpy NPY 文件”。

--mri-数据 图像 [图像 ...]
从 MR 图像加载数据，例如 NIfTI 文件。 这可以是单个 4D
图像，或 3D 图像列表，或两者的组合。

--openfmri-modelbold 规格规格规格规格规格
在符合 OpenFMRI 的数据集中加载与刺激模型相关的所有数据。
此选项需要 4 个参数值： . 这
第一个值是数据集的基本目录。 接下来的两个是（整数）ID
对于所需的刺激模型和主题。 最后一个参数是一个字符串
指示要加载的数据风格，或默认图像的空字符串
（粗体.nii.gz）。

可选项 HPMC胶囊 属性 ， 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 命令 线：
--添加sa 值 [值 ...]
从命令行输入组成一个示例属性。 第一个值是
所需的属性名称，第二个值是逗号分隔的列表（适当地
引用）的实际属性值。 可以给出可选的第三个值来指定
一种数据类型。 关于在命令上定义数据集属性的附加信息
行在“在命令行上编写属性”部分中给出。

--添加-fa 值 [值 ...]
从命令行输入组成一个特征属性。 第一个值是
所需的属性名称，第二个值是逗号分隔的列表（适当地
引用）的实际属性值。 可以给出可选的第三个值来指定
一种数据类型。 关于在命令上定义数据集属性的附加信息
行在“在命令行上编写属性”部分中给出。

可选项 HPMC胶囊 属性 ， 文本 文件：
--add-sa-txt 值 [值 ...]
从文本文件加载示例属性。 第一个值是所需的属性
name，第二个值是将从中加载属性的文件名。
修改数据加载方式的其他值在 部分描述
“从文本文件加载数据”。

--add-fa-txt 值 [值 ...]
从文本文件加载特征属性。 第一个值是所需的属性
name，第二个值是将从中加载属性的文件名。
修改数据加载方式的其他值在 部分描述
“从文本文件加载数据”。

--添加-sa-attr 文件名
从旧的“属性文件”加载示例属性值。 读取列数据
作为“字面意思”。 只有两个没有标题的列文件（'targets' + 'chunks'）
支持的。 此选项允许从早期的 PyMVPA 读取属性文件
版本。

可选项 HPMC胶囊 属性 ， 存储 脾气暴躁的 数组：
--add-sa-npy 值 [值 ...]
从 Numpy .npy 文件加载示例属性。 压缩文件（即 .npy.gz）是
也支持。 第一个值是所需的属性名称，第二个值
是从中加载数据的文件名。 修改方式的附加值
加载的数据在“从 Numpy NPY 文件加载数据”部分中描述。

--add-fa-npy 值 [值 ...]
从 Numpy .npy 文件加载特征属性。 压缩文件（即 .npy.gz）是
也支持。 第一个值是所需的属性名称，第二个值
是从中加载数据的文件名。 修改方式的附加值
加载的数据在“从 Numpy NPY 文件加载数据”部分中描述。

可选项 HPMC胶囊 输入 ， MR 图片：
- 面具 图像
与输入数据样本具有相同尺寸的掩码图像文件。 所有体素
对应于非零掩码元素将被允许进入数据集。

--添加卷属性 精氨酸精氨酸
属性名称（第一个参数）和与输入具有相同尺寸的图像文件
数据样本（第二个参数）。 图像数据将作为特征属性添加
在指定的名称下。

--add-fsl-mcpar 文件名
FSL 的 McFlirt 格式的 6 列运动参数文件。 六个附加样品
将创建属性：mc_{x,y,z} 和 mc_rot{1-3}，用于翻译和
分别旋转估计。

输出 opţiuni:
-o 输出， - 输出 OUTPUT
输出文件名（必要时自动添加“.hdf5”扩展名）。 注意：
输出格式适用于 PyMVPA 命令之间的数据交换，但不适用于
建议长期储存或交换，因为其具体内容可能会有所不同
视实际软件环境而定。 对于长期存储，请考虑
转换为其他数据格式（参见“转储”命令）。

--hdf5-压缩 型
HDF5 存储的压缩类型。 可用值取决于特定的 HDF5
安装。 典型值为：“gzip”、“lzf”、“szip”或 1 到 9 之间的整数
表示 gzip 压缩级别。

示例

加载 4D MRI 图像，将图集标签分配给特征属性，并附加类标签
从一个文本文件。 生成的数据集在当前目录中存储为“ds.hdf5”。

$ pymvpa2 mkds -o ds --mri-data 粗体.nii.gz --vol-attr 区域 harvox.nii.gz --add-sa-
txt 目标labels.txt

使用 onworks.net 服务在线使用 pymvpa2-mkds