这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 quiver，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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quiver - 为 Pacific Biosciences 数据设计的基因组共识调用程序
商品描述
颤动 是一种从多个 PacBio 读取中调用高度准确共识的算法，
使用 pair-HMM 利用 basecall 和 QV 指标来推断真正的底层
DNA 序列。
时间 文件
为了使最准确的共识呼叫成为可能，Quiver 使用了一组
由碱基识别器计算的质量价值指标。 如果您使用的是 SMRTportal
安装版本1.4或更高版本，然后SMRTportal会加载Quiver的所有信息
需要，因此您可以跳过本节的其余部分。
在 SMRTportal 1.3.3 及更早版本中，默认情况下只有这些质量值的一个子集
包含在 .cmp.h5 SMRTanalysis生成的文件。 得到一个 .cmp.h5 与所有
加载 QV，您将需要使用 RS_Mapping_QVs 创建一个协议 CMP.h5 文件
颤动。
如果您使用的版本比 SMRTportal/SMRTanalysis 1.3.3 旧，请升级。
示例
运行 颤动
例如，
$ quiver -j8aligned_reads.bam \
> -r path/to/lambda.fasta \
> -o 变体.gff -o 共识.fasta
将使用 8 个 CPU 来运行 Quiver 对齐读取.bam, 输出一致序列和
变种。
请注意，如果您使用的是 cmp.h5 文件并且尚未使用 RS_Mapping_QVs 协议
生成那个文件---或者如果源 bas.h5 文件是由 1.3.1 之前的仪器生成的
软件 --- cmp.h5 将不包含优化所需的 QV 指标的完整电池
箭袋精度。 该命令仍然有效，但它会发出警告，表明它的
准确性将是次优的。
运行 颤动 on 多 输入 档
一个 FOFN（文件名文件）中的多个对齐文件可以针对单个文件抖动
参考 （基因组共识 >= 1.1.0）。
示例输入 FOFN：
$ cataligned_reads.fofn
/路径/到/reads1.bam
/路径/到/reads2.bam
可以用来代替读取文件：
$ quiver -j8aligned_reads.fofn \
> -r path/to/lambda.fasta \
> -o 变体.gff -o 共识.fasta
Quiver 还可以与 DataSet XML 文件一起使用。 有关生成新的详细信息，请参阅 pbcore
对齐文件的数据集 XML 文件。
高精度 部件 共识
Quiver 使基因组组装的一致性精度接近甚至
超过 Q60（每百万碱基一个错误）。 如果您在中使用 HGAP 组装协议
在 SMRTportal 2.0 或更高版本中，Quiver 作为最后的“装配完善”步骤自动运行。
使用 onworks.net 服务在线使用 quiver
