这是 sim4db 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
sim4db - cDNA 序列与目标基因组的批量拼接比对
概要
一个简单的命令行调用：
sim4db -genomic g.fasta -cdna c.fasta -scr 脚本 -output o.sim4db
其中：
- 'c.fasta' 和 'g.fasta' 是 multi-fasta cDNA 和基因组序列文件
- 'script' 是一个脚本文件，指示要计算的各个比对
- sim4db 格式的输出将发送到文件 'o.sim4db'（'-' 为标准输出）
更复杂的调用：
sim4db -genomic g.fasta -cdna c.fasta -output o.sim4db [选项]
商品描述
sim4db 将大 cDNA（EST、mRNA）序列集快速批量比对到一组
真核基因组区域。 它使用 sim4 和 sim4cc 算法来确定
比对，但结合了快速序列索引和检索机制，已实现
在姐妹包里 叶子(1)、快速处理大量序列。
而 sim4db 以与 sim4 或 sim4cc 相同的方式产生对齐，它有额外的
功能使其更适合与全基因组注释管道一起使用。 一个脚本
文件可用于对 cDNA 及其相应基因组区域之间的配对进行分组，
作为一次运行对齐并使用相同的一组参数。 Sim4db 也可选
报告基因组区域内相同 cDNA 的多个比对，只要它们
满足用户定义的标准，例如最小长度、序列同一性百分比或
覆盖。 此功能有助于找到一个基因家族的所有比对
轨迹。 最后，输出显示为自定义 sim4db 比对或 GFF3 基因
功能。
配置
主要选项：
-cdna 使用这些 cDNA 序列（multi-fasta 文件）
-genomic 使用这些基因组序列（multi-fasta 文件）
-script 使用这个脚本文件
-pairwise 顺序排列成对的序列
如果没有“-script”和“-pairwise”选项
指定时，sim4db 执行全反对
成对的 cDNA 和基因组序列之间的比对。
-output 将输出写入此文件
-gff3 以 GFF3 格式报告输出
-种间使用 sim4cc 进行种间比对（默认 sim4）
过滤选项：
-mincoverage 迭代查找具有指定的所有外显子模型
最低百分比覆盖率
-minidentity 迭代查找具有指定的所有外显子模型
最小百分比外显子身份
-minlength 迭代查找具有指定的所有外显子模型
最小绝对覆盖率（匹配的 bp 数）
（默认 0）
-alwaysreport 总是报告外显子模型，即使它们
低于质量阈值
如果没有给出 mincoverage 或 minidentity 或 minlength ，则只有
返回最佳外显子模型。 这是默认操作。
您可能想要指定所有三个 mincoverage，
身份和最小长度！ 不要假设默认值
是你想要的！
您肯定要指定至少一个 mincoverage，
minidentity 和 minlength 与 alwaysreport！ 如果你不这样做，
mincoverage 将设置为 90，minidentity 将设置为 95 -- 以减少
找到良好匹配时虚假匹配的数量。
辅助选项：
-nodeflines 在 sim4db 输出中不包含定义
-alignments 打印对齐
-polytails 不要掩盖 poly-A 和 poly-T 尾巴
-cut 修剪边缘外显子如果 A/T % > x（poly-AT 尾部）
-noncanonical 不强制规范剪接位点
-splicemodel 使用以下拼接模型：0 - 原始 sim4；
1 - 基因拼接器； 2 - 微光； 选项 1 和 2 是
仅适用于“-种间”。
sim4 的默认值为 0，sim4cc 的默认值为 1。
-forcestrand 强制链预测始终为
“正向”或“反向”之一
执行选项：
-threads 使用 n 个线程。
-touch 在程序完成执行时创建此文件
调试选项：
-v 运行时将状态打印到 stderr
-V 打印正在处理的脚本行 (stderr)
开发者选项：
-Z 设置间隔种子模式
-H 设置重新链接权重因子（推荐用于 mRNA 的 H=1000）
-K 设置第一个 MSP 阈值
-C 设置第二个MSP阈值
-Ma 设置允许的 MSP 数量限制
-Mp 相同，作为 cDNA 中碱基的百分比
注意：如果使用，必须同时指定 -Ma 和 -Mp！
使用 onworks.net 服务在线使用 sim4db
