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sreformat - 将序列文件转换为不同的格式

概要

重新格式化 [选项] 格式 序列文件

商品描述

重新格式化 读取序列文件 序列文件 以任何支持的格式，将其重新格式化为新的
指定的格式 格式， 然后打印重新格式化的文本。

支持的输入格式包括（但不限于）未对齐格式 FASTA、
Genbank、EMBL、SWISS-PROT、PIR 和 GCG，以及对齐的格式 Stockholm、Clustal、GCG
无国界医生和菲利普。

可用的未对齐输出文件格式代码包括 法斯塔 （FASTA 格式）； 标志
（EMBL/SWISSPROT 格式）； 基因库 （基因库格式）； GCG （GCG 单序列格式）；
数据 （GCG 平面文件数据库格式）； PIR （PIR/CODATA 平面文件格式）； 原 （生的
顺序，无其他信息）。

可用的对齐输出文件格式代码包括 斯德哥尔摩 （PFAM/斯德哥尔摩格式）；
无国界医生 （GCG MSF 格式）； a2m （对齐的 FASTA 格式）； 飞利浦 （Felsenstein 的 PHYLIP 格式）；
和 集群 （Clustal V/W/X 格式）； 和 塞莱克斯 （旧的 SELEX/HMMER/Pfam 注释
对齐格式）；

所有这些代码都被不区分大小写地解释（例如 MSF、Msf 或 msf 都可以工作）。

未对齐的格式文件无法重新格式化为对齐的格式。 但是，对齐格式
可以重新格式化为未对齐的格式——间隙字符被简单地去除。

这个程序最初被命名为 重新格式化， 但这个名字与 GCG 的程序冲突
同名。

配置

-d 脱氧核糖核酸; 将 U 转换为 T，以确保核酸序列显示为 DNA 而不是
核糖核酸。 看 -r。

-h 打印简要帮助； 包括版本号和所有选项的摘要，包括
专家选项。

-l 小写； 将所有序列残基转换为小写。 看 -u。

-n 对于 DNA/RNA 序列，转换任何非明确 RNA/DNA 的字符（例如
ACGTU/acgtu) 到 N。用于将 IUPAC 歧义代码转换为 N，用于软件
不能处理所有 IUPAC 代码（例如一些公共 RNA 折叠代码）。 如果
该文件是一个对齐，间隙字符也保持不变。 如果序列是
不是核酸序列，此选项将以可预测的方式破坏数据
时尚。

-r 核糖核酸； 将 T 转换为 U，以确保核酸序列显示为 RNA 而不是
脱氧核糖核酸。 看 -d。

-u 大写； 将所有序列残基转换为大写。 看 -l。

-x 对于 DNA 序列，将非 IUPAC 字符（例如 X）转换为 N。 这是为了
与坚持使用 X 而不是 IUPAC 的愚昧人的兼容性
歧义字符 N。（X 表示氨基酸残基中的歧义）。

警告：像 -n 选项，代码不会检查你是否真的给了它
脱氧核糖核酸。 它只是简单地将非 IUPAC DNA 符号转换为 N。所以如果你
不小心给它蛋白质序列，它会很高兴地转换大多数氨基酸
酸残基为 N。

专家 配置

--gapsym
将所有间隙字符转换为 . 用于为程序准备对齐文件
对间隙符号有严格要求。 只有在输入时才有意义 序列文件 is
一种对齐方式。

--信息
指定序列文件格式 , 而不是允许程序
自动检测文件格式。 常见的例子包括 Genbank、EMBL、GCG、PIR、
斯德哥尔摩、Clustal、MSF 或 PHYLIP； 请参阅印刷文档以获取完整的
接受的格式名称列表。

--明加普
If 序列文件 是对齐方式，删除包含 100% 间隙字符的任何列，
最小化对齐的总长度。 （如果你已经提取了，通常很有用
来自较大比对的比对序列的子集。）

--无间隙
删除任何包含任何间隙符号的对齐列。 作为前奏有用
到系统发育分析，您只想分析包含 100%
残留物，所以你想去掉任何有间隙的列。 才有意义
如果文件是对齐文件。

--pfam 仅对于 SELEX 对齐输出格式，将整个对齐放在一个块中
（不要包装成多个块）。 这接近于内部使用的格式
Pfam 在斯德哥尔摩和剑桥。

--山姆 尝试将间隙字符转换为 UC Santa Cruz SAM 样式，其中 . 意味着差距
一个插入列，一个 - 表示在共识/匹配列中删除。 这仅
适用于转换对齐的文件格式，并且仅当对齐已经
遵守 SAM 共识/匹配中残基的大写约定
列，插入列中的残基小写。 这是真的，例如，
由旧版 HMMER 生成的所有比对。 （HMMER2 产生比对
即使在间隙字符选择中也遵守 SAM 的约定。）这个选项是
添加以允许将 Pfam 对齐重新格式化为更适合
使用 UCSC SAM 软件配置 HMM 构造。

--samfrac
尝试将对齐间隙字符和残基情况转换为 UC Santa Cruz SAM
风格，其中一个 . 表示插入列中的间隙和 a - 表示删除
一致/匹配列，大写表示匹配/一致残基，小写
case 表示插入的残留物。 这仅适用于转换对齐的文件
格式，但与 --山姆 选项，无论文件是否有效，它都会工作
遵守大写/小写残留约定。 相反，任何包含
超过一小部分 间隙字符被解释为插入列，并且
所有其他列都被解释为匹配列。 添加此选项是为了允许
Pfam 对齐将重新格式化为更适合配置文件 HMM 的内容
使用 UCSC SAM 软件构建。

--wussify
转换 RNA 二级结构注释字符串（共识和个体）
从旧的“KHS”格式，><，到新的 WUSS 符号，<>。 如果符号已经
在 WUSS 格式中，此选项会在没有警告的情况下搞砸。 只有SELEX和
Stockholm 格式文件目前有二级结构标记。

--杜乌斯
从新的 WUSS 符号转换 RNA 二级结构注释字符串，<>，
回到旧的 KHS 格式，><。 如果注释已经在 KHS 中，则此选项
会在没有警告的情况下破坏它。 只有 SELEX 和 Stockholm 格式文件有
二级结构标记。

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