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tigr-extract - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 tigr-extract

这是 tigr-extract 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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tigr-glimmer — 基因组序列中基因的精细开始/停止位置

概要


老虎提取物 [基因组文件 选项]

商品描述


程序提取采用 FASTA 格式的序列文件和带有开始/停止列表的文件
该文件中的位置(例如,由 long-orfs 程序生成)并提取和
输出指定的序列。

第一个命令行参数是序列文件的名称,必须在 FASTA
格式。

第二个命令行参数是坐标文件的名称。 它必须包含一个
第一个文件中的位置对列表,每行一个。 每个条目的格式为:

>

这个文件不应该包含其他信息,所以如果你使用 glimmer 的输出
或 long-orfs ,您必须切断标题行。

程序的输出进入标准输出,并且每一行都有一行
坐标文件。 每行包含 IDstring ,后跟空格,后跟
由坐标对指定的序列文件的子字符串。 具体来说,
子串从对的第一个位置开始,在第二个位置结束
(包括的)。 如果第一个位置大于第二个位置,则 DNA 反向
生成每个位置的补码。 “环绕”结尾的开始/停止对
基因组是允许的。

配置


-跳过 使输出省略每个序列的前 3 个字符,即跳过
超过起始密码子。 这是以前版本的行为
程序。

-l 使输出省略一个短于 n 个字符的序列。 n 包括
如果 -skip 开关为 3,则跳过 XNUMX 个字符。

使用 onworks.net 服务在线使用 tigr-extract


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