这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 tophat，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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tophat - TopHat 将拼接转录本的短序列映射到整个基因组
商品描述
tophat：TopHat 将剪接转录本的短序列映射到整个基因组。
用法：
礼帽 [选项] [reads1[,reads2,...]] \
[限定1,[限定2,...]] [限定1[,限定2,...]]
配置
-v/ - 版本
-o/--输出目录
[默认：./tophat_out]
--领结1
[默认：bowtie2]
-N/--读取不匹配
[默认值：2]
--读取间隙长度
[默认值：2]
--读取编辑区域
[默认值：2]
--读取重新对齐编辑距离
[默认值：“读取编辑区”+ 1]
-a/--最小锚点
[默认值：8]
-m/--拼接不匹配
<0-2> [默认值：0]
-i/--min-内含子长度
[默认值：50]
-I/--最大内含子长度
[默认值：500000]
-g/--最大多重命中
[默认值：20]
--抑制命中
-x/--转录组-最大命中
[默认值：60]
-M/--预过滤器-多重命中
（ 为了 -G/--GTF 选项，启用对基因组的初始领结搜索）
--最大插入长度
[默认值：3]
--最大删除长度
[默认值：3]
--solexa-quals
--solexa1.3-合格
（与 phred64-quals 相同）
--phred64-quals
（与 solexa1.3-quals 相同）
-Q/--合格
--整数
-C/ - 颜色
（纯色空间）
--色差
--图书馆类型
(fr-unstranded, fr-firststrand, fr-secondstrand)
-p/--线程数
[默认值：1]
-R/ - 恢复
（尝试恢复执行）
-G/--GTF
（已知转录本的 GTF/GFF）
--转录组索引
（转录组领结指数）
-T/--仅转录组
（仅映射到转录组）
-j/--原始结
--插入
--删除
-r/--mate-inner-dist
[默认值：50]
--mate-std-dev
[默认值：20]
--无小说-juncs
--无小说插入
--no-gtf-juncs
--无覆盖搜索
--覆盖搜索
--微外显子搜索
--保留tmp
--tmp-目录
[ 默认：/ tmp目录 ]
-z/--zpacker
[默认值：gzip]
-X/--未映射的FIFO
[使用 mkfifo 压缩更多临时文件以进行色彩空间读取]
先进的 选项：
--报告次要对齐
--无不和谐
--无混合
--段不匹配
[默认值：2]
--段长度
[默认值：25]
--领结-n
[默认：领结 -v ]
--min-coverage-内含子
[默认值：50]
--max-coverage-内含子
[默认值：20000]
--min-segment-内含子
[默认值：50]
--max-segment-内含子
[默认值：500000]
--无排序-bam
（输出 BAM 未按坐标排序）
--无转换-bam
（不要输出bam格式。输出是/accepted_hits.sam)
--保持 fasta 顺序
--allow-部分映射
领结2 有关 opţiuni:
中的预设选项 --端到端 模式（TopHat2 中不使用局部对齐）
--b2-非常快
--b2-快速
--b2 敏感
--b2-非常敏感
对齐选项
--b2-N
[默认值：0]
--b2-L [默认值：20]
--b2-i [默认值：S,1,1.25]
--b2-n-ceil
[默认值：L,0,0.15]
--b2-gbar
[默认值：4]
评分选项
--b2-mp
, [默认值：6,2]
--b2-np
[默认值：1]
--b2-rdg
, [默认值：5,3]
--b2-rfg
, [默认值：5,3]
--b2-得分最小值
[默认值：L,-0.6,-0.6]
努力的选择
--b2-D [默认值：15]
--b2-R [默认值：2]
聚变 有关 opţiuni:
--融合搜索
--融合锚长度
[默认值：20]
--融合最小距离
[默认值：10000000]
--融合读取不匹配
[默认值：2]
--融合多重读取
[默认值：2]
--融合多对
[默认值：2]
--fusion-ignore-染色体
[例如， ]
--融合不解决冲突
[这是为了测试目的]
SAM 标题 可选项 （用于 嵌入 测序 运行 元数据 in 输出）：
--rg-id
（读取组 ID）
--rg-样本
（样品编号）
--rg-库
（图书馆ID）
--rg-描述
（描述性字符串，不允许使用制表符）
--rg-平台单元
（例如 Illumina 泳道 ID）
--rg-中心
（测序中心名称）
--rg-日期
（测序运行的 ISO 8601 日期）
--rg-平台
（测序平台描述符）
有关详细帮助，请参阅 http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html
使用 onworks.net 服务在线使用 tophat
