这是 vcf_filter 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
vcf_filter - 过滤 VCF 文件
概要
vcf_过滤器 [-h] [--无短路] [--无过滤] [--输出 OUTPUT] [--本地脚本
LOCAL_SCRIPT] 输入过滤器 [filter_args] [过滤器 [filter_args]] ...
商品描述
该脚本是 PyVCF 的一部分。
配置
阵地 参数：
要处理的输入文件（使用 - 用于 STDIN）（默认值：无）
可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助消息并退出。 （默认：假）
--无短路
如果触发了任何过滤器，则不要停止站点上的过滤器处理（默认值：False）
- 输出 OUTPUT
输出文件名 [STDOUT]（默认值：<_io.TextIOWrapper name=' '模式='w'
编码='ANSI_X3.4-1968'>)
--无过滤
仅输出通过过滤器的站点（默认值：False）
--本地脚本 本地脚本
当前工作目录中带有过滤器类的 Python 文件（默认值：无）
毫克：
过滤只有低质量变体的网站。 有可能有一个高站点
许多低质量通话的质量。 此过滤器要求至少有一个电话高于
一个阈值质量。
--基因型质量 基因类型_质量
过滤没有高于此质量的基因型的站点（默认值：50）
仅限snp：
仅选择 SNP 变体
dps：
每个样本的阈值读取深度
--每个样本的深度 DEPTH_PER_SAMPLE 深度
每个样本中所需的最低覆盖率（默认值：5）
平均 dps：
每个样本的阈值平均读取深度（read_depth / sample_count）
--平均深度每个样本 每个样本的平均深度
每个样本所需的最低平均覆盖率（默认值：3）
乙：
过滤看起来像相关测序错误的站点。 一些排序
技术，特别是焦磷酸测序，产生突变热点，其中存在
恒定的噪音水平，产生一些参考和一些杂合子调用。 这个
filter 通过比较二项式似然计算每个站点的贝叶斯因子
在以下条件下观察到的等位基因深度： * 具有恒定误差的模型等于
马夫。 * 每个样本都是调用者报告的倍性的模型。 考试
value 是贝叶斯因子的对数。 较高的值更可能是错误。
注意：此过滤器需要 rpy2
--eblr EBLR
过滤高于此错误日志几率比的站点（默认： -10)
平方：
过滤低质量网站
--网站质量 网站质量
过滤低于此质量的网站（默认值：30）
使用 onworks.net 服务在线使用 vcf_filter
