这是命令 velvetg_63_long，可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管提供商中运行
程序：
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velvetg_63_long - de Bruijn 图构建、错误消除和重复解决
（MAXKMERLENGTH = 63，长序列）
商品描述
用法：./velvetg 目录 [选项]
目录
: 工作目录名称
标准版 opţiuni:
-cov_截止
：在旅游巴士之后移除低覆盖节点或允许系统推断它
（默认：不删除）
-ins_长度
：两个配对末端读取之间的预期距离（默认：无读取配对）
-read_trkg
：在装配中跟踪短读位置（默认：无跟踪）
-min_contig_lgth
：导出到 contigs.fa 文件的最小 contig 长度（默认值：哈希长度 * 2）
-amos_文件
: 将程序集导出到 AMOS 文件（默认：不导出）
-exp_cov
：独特区域的预期覆盖范围或允许系统推断它
（默认：没有长或双端读取分辨率）
-long_cov_cutoff ：在游览后删除长读覆盖率低的节点
总线
（默认：不删除）
先进的 opţiuni:
-ins_长度*
：各自短读中两个双端读之间的预期距离
数据集（默认：无读取配对）
-ins_length_long
：两个长配对末端读取之间的预期距离（默认：无读取配对）
-ins_长度*_sd
: 估计各个数据集的标准偏差（默认值：相应数据集的 10%
长度）
[根据需要替换 '*'、'2' 或 '_long']
-脚手架
：contigs 的脚手架使用成对的末端信息（默认值：on）
-最大分支长度
：气泡碱基对的最大长度（默认值：100）
-最大散度 : 泡沫中两个分支之间的最大发散率
（默认：0.2）
-最大间隙计数
：气泡的两个分支对齐时允许的最大间隙数
（默认：3）
-min_pair_count
：证明两个长脚手架的最小成对端连接数
重叠群（默认：5）
-最大覆盖范围
: 在旅游巴士之后移除高覆盖率节点（默认：不移除）
-coverage_mask
：重叠群置信区域所需的最小覆盖率（默认值：1）
-long_mult_cutoff
：合并重叠群所需的最小长读取数（默认值：2）
-未使用的读取数
: 在 UnusedReads.fa 文件中导出未使用的读取（默认：无）
-对齐方式
：导出与参考序列的重叠群比对的摘要（默认值：否）
-出口过滤
：导出被覆盖过滤器消除的长节点（默认值：否）
-清洁
：删除所有对重新计算无用的中间文件（默认：
不要）
-很干净
: 删除所有中间文件（无法重新计算）（默认值：否）
-paired_exp_fraction
: 删除所有小于指定分数的成对端连接
预期计数（默认值：0.1）
-shortMate配对*
：对于配对文库，表明文库可能被污染
双端读取（默认没有）
-保存长
: 保留带有长读的序列（默认没有）
输出：
目录/contigs.fa
: 超过两倍哈希长度的 contigs 的 fasta 文件
目录/stats.txt
: 统计文件（制表符间隔）可用于确定适当的覆盖截断值
目录/LastGraph
: 特殊格式的文件，包含最终图表上的所有信息
目录/velvet_asm.afg
：（如果需要）AMOS 兼容程序集文件
使用 onworks.net 服务在线使用 velvetg_63_long
