这是一个名为 iCAS 的 Linux 应用程序 - 一种在 Linux 在线运行的 Illumina 克隆组装系统，其最新版本可以下载为 icas_v062.tar.bz2。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 iCAS 的应用程序 - 一个 Illumina 克隆组装系统，可通过 OnWorks 免费在 Linux 中运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
iCAS - 在 Linux 中在线运行的 Illumina 克隆组装系统
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商品描述
逐个克隆测序作为对大型复杂基因组实现高质量组装的一种手段，在高通量测序时代仍然具有重要意义。 然而，使用当前的全基因组组装器获得的组装通常是碎片化的，并且由于多重测序引入的不同数据特征，有时会出现基因组完整性问题。借助 iCAS，数据过滤过程基于一种新颖的 kmer 频率算法，从而实现近乎完美的预组装读取。 重叠群是使用不同的组装算法生成的，然后合并在一起以实现更长的连续性。 将所有读数重新对齐到草稿重叠群并重新校准每个序列碱基，以实现最终共识。 使用完成的克隆进行 QC，该管道能够获得具有 99.7% 的克隆覆盖率和 Q39 的一致碱基质量的组件。
由 Wellcome Trust Sanger 研究所开发。
目的
学术/科研
程式语言
语言，C
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/icas/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便通过我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
