这是名为 MethyMer 的 Linux 应用程序，其最新版本可以作为 MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz 下载。它可以在免费的工作站托管提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行名为 MethyMer 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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甲基梅尔
商品描述
MethyMer 是一个基于 Python 的工具，旨在选择特定引物来扩增完整的 CpG 岛。这些区域由于其复杂性低、polyN、CG 丰富等原因，在选择合适的引物方面存在困难。
MethyMer 拥有灵活的评分系统，能够在有问题的区域（例如 SpG 岛）选择引物，并包括特异性测试（基于针对亚硫酸氢盐处理的基因组的领结比对）。
它还整合了 TCGA CpG 甲基化（微阵列）和基因表达 (RNA-Seq) 数据，以及 20 种人类癌症类型的甲基化-表达相关性分析结果。
ENCODE 基因组区域注释数据也集成在 MethyMer 中
功能
- 选择能够扩增完整CpG岛或其他目标基因组区域的引物对组合；
- 灵活且可调整的评分系统
- 特异性测试
- 450 种肿瘤类型的集成 CpG 甲基化数据（Illumina Infinium Human Mmethylation 20K 微阵列），源自 TCGA
- 整合 TCGA RNA-Seq – CpG 甲基化关联研究数据
- 可视化：CG内容图、得分图、引物特异性图、ENCODE基因组注释、TCGA数据
用户界面
控制台/终端
程式语言
Python
分类
该应用程序也可以从 https://sourceforge.net/projects/methymer/ 获取。它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
