这是名为 ParaSim 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 parasim-v0.05.zip。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
免费下载并在线运行这个名为 ParaSim with OnWorks 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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模拟模拟
商品描述
大型化合物数据库的多样性评估和比较需要在可承受的时间内计算数百万种化合物的相似性。 ParaSim 通过根据单台机器上可用的计算核心数量并行化计算来解决这一挑战。 它针对大量查询结构对大量参考结构的吞吐量进行了优化。 作为一项特殊功能，ParaSim 允许将频繁查询的数据集作为内存中的持久对象存储和访问，以缩短响应时间。
ParaSim 基于二元结构指纹计算化学相似性。 它本身不计算指纹，而是依赖第三方软件来计算。 基本上，ParaSim 可以使用所有类型的可以存储在位数组（位集）中的结构指纹。
见维基（https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) 获取详细文档。
非常感谢反馈！
特性
- 利用多个计算核心
- 可以在内存中持久存储和访问指纹
- 结果报告：查询分子 ID、参考分子 ID、相似系数和可选的附加数据，如 Smiles/InChi-Key/Chime 字符串等。
- 允许用户定义每个查询的命中数和相似性阈值
- 允许不同的指纹位集大小
- 根据要求提供详细的进度信息
- 无需安装
- 从 .txt 或 .txt.gz 文件中读取指纹作为 Base64 编码的位集
- 包含 RDKit、PipelinePilot(TM) 和 Knime 的演示应用程序
- 包含直接从 SDF 或 Smiles 文件搜索的脚本
目的
开发人员、最终用户/桌面、测试人员、科学/研究
用户界面
命令行、控制台/终端
程式语言
C、Perl、Python
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/parasim/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
